1949年2月22日，中国人民解放军北平军事管制委员会接管国民党政府办的旧合作社的同时，建立了人民政府领导下的北平市合作社供销总社，并按照中共北平市委提出的“恢复、改造和发展生产”的中心任务，以城市为重点，发动群众广泛建立机关、学校、街道、厂矿消费合作社、城市手工业生产合作社和农村供销合作社。6月，经市人民政府财经委员会批准，市合作社正式组建管理机构。同年10月，北平市供销合作总社更名为北京市供销合作总社。到年底，下属8个郊区分社陆续改组，分别成立区供销合作社。至此，全市合作社总数已达324个，吸收社员40.2万人。其中，城区社员占城市总人口的24.7%；郊区社员占农村总人口的8.26%。初步建立起遍布全市城乡的合作社商业网。

    1954年7月，北京市供销合作总社召开一届一次社员代表大会。

    1956年3月召开一届三次社员代表大会，北京市供销合作总社更名为北京市供销合作社。

    以后的多年发展中，北京市社根据国家相关政策几度更名，同时经历了与国营商业部门的分分合合。直至1983年，北京市供销合作社正式退出政府职能部门序列，恢复集体所有制合作经济组织性质。同年10月，北京市供销合作社更名为北京市供销合作社联合社。

    1985年4月，北京市供销合作社联合社更名为北京市供销合作联合社。当年，北京市供销合作社系统已与全国23个省市、自治区、1519个企业、1273个专业户、32738个农户建立了合资、联营、技术转让、补偿贸易等多种形式的经济协作关系。全系统联营企业年产值和营业额达1.2亿元。

    改革开放后的几十年里，北京市供销合作社系统紧紧围绕党中央、国务院的中心工作，不断调整自己的经营服务内容，各项工作取得了长足的发展。截至2014年6月底，全系统完成总营业收入31.07亿元，同比增长6.29%；实现利润总额1.46亿元，同比增长57.17%。其中，市社直属企业完成总营业收入15.4亿元。围绕市民、农民的需求，全系统建立了完善的经营服务网络，以顺义隆华、昌平新世纪两个大型商场为龙头，构建起拥有2个万米配送中心、27个镇级超市、847个村级便利店的商超网络。以蜂产品公司、佳之兴公司、烟花鞭炮公司为龙头的单品类连锁经营网络。其中，蜂产品公司已拥有遍布全国的经营网点569个，佳之兴公司配覆盖华北地区送网点达1万个，鞭炮公司经营网点1216个。以农资公司为龙头，打造了拥有8个区县分销中心、966个经营服务网点的首都农资品牌；根据北京都市型现代农业的需要，提出并实施建设的北京现代农资物流服务中心，作为北京市政府的折子工程，成为北京市政府构建北京市现代农资供应服务体系的依托。以“龙头企业（批发市场）+专业合作社+基地+农户”为发展经营模式，开办了农副产品交易市场9个，年实现销售额11.7亿元，打造了“御贡”、 “京平白玉”、“京果”等具有一定知名度的涉农品牌10个，年帮助农民实现收入1.7亿元。按照“规范站点、物流配送、专业分拣、厂商直挂”的发展模式，以市区两级回收公司为龙头，建立了社区回收网点520个、郊区县回收网点700多个，实现年回收量31万吨、回收额7亿多元。全系统“新网工程”建设工作实现了网点数量和网点质量双提升、经济效益和社会效益双提高。