尽管小额农贷在促进农村经济发展、农民增收致富和社会主义新农村建设等已经取得了明显的成效，但是，农村信用社对小额农贷在思想意识、业务操作、风险防范以及服务效能等方面还存在诸多不足，应该引起高度重视。

　　小额农贷工作量大、经营成本高。小额农贷本身借还发生频繁，其辐射的农户面广分散，其管理成本往往高于一般的贷款，农村信用社由其服务“三农”的本质决定，其工作量大、经营成本高和实现的利润低，造成部分信贷员在小额贷款发放中积极性不高，动力不足，工作开展不平衡等状况。因此，在核算推广高成本、低收益的小额贷款成本时，也要防止偏离“三农”的宗旨。

　　小额农贷授信不能适应农户资金需求。随着农村经济的快速发展，农民对资金的需求量不断上升，已经超过了小额信贷业务的现行授信制度，在办理抵押、担保手续困难的情况下，这种资金增长需求与资金供应不足的矛盾就愈显突出。

　　小额农贷的风险防范亟须加强。一是自然及市场的风险。从小额信贷扶持的产业来看，农业的弱质性决定了其生产经营对自然条件的依赖性较强，农业受自然灾害的影响很大，一旦遇到较大自然灾害，造成的损失必然有一部分会转化为信贷资金风险。另外小额农贷是一家一户分散经营为主，小生产与大市场的矛盾是必然的经济现象，由于农民是弱势群体，承受风险损失能力有限，不论是市场风险还是自然风险，一旦发生很容易超出农户的承受能力。二是操作风险。由于小额信贷的操作简便，发放分散性，个别信贷员没有执行信贷制度，存在暗箱操作等问题，导致个别信用社的小额贷款成了信贷员的“寻租”工具，违规贷款较多，抑制了小额贷款按照有利于农户和农村信用社改革的方向正常发展。三是管理风险。小额信贷的特点导致其有较强的隐蔽性，部分信贷员片面强调简化手续放松贷款的审核、发放程序，责任不明确，制度不落实，给信贷监督管理带来了难度，监督工作不能有效跟进，致使小额信贷的风险日趋增大。