农药行业整体水平不高，发展后劲不足。中国现有农药生产企业规模普遍较小、生产装备比较落后、仿制产品较多，与世界农药产品高活性、高安全性、高效益以及环境保护的要求存在较大差距。此外，中国农药生产企业在药品分析、质检、生测、毒理等方面的研发投入较少，研发水平较低，没有完善的创新体系，发展后劲明显不足。
企业环保意识淡漠，环境保护压力较大。目前，中国国内部分药企环保意识淡漠，通过降低环保标准等手段降低生产成本，在生产过程中违规排放现象严重，对生态环境造成较大的破坏。
农药安全性评价体系有待完善。随着对绿色环保食品的需求不断增加以及环境保护意识的日益提高，国际社会对农药的安全性也提出了更高要求。由世界经合组织（OECD）制定的农药良好实验室规范下的安全性评价国际互认体系已经在其成员国内得到互认，部分非成员国如印度、巴西、俄罗斯等国也在积极申请加入。但是目前中国农药毒理、残留等试验数据尚未得到国际认可，在参与农药残留限量国际标准的制定和解决农产品国际贸易争端等方面都难以掌握主动。
为此建议：一是加强和规范农药管理立法工作，健全农药市场准入制度，通过提高农药生产经营门槛以及建立国内农药标准，规范竞争，提升中国农药竞争力；二是加强对农药的进出口监测预警，进一步规范农药进出口贸易秩序，加大知识产权保护力度，促进中国农药对外贸易增长方式的转变；三是鼓励和引导企业优化产品结构，发展以适应现代农业对农产品健康和环境安全的要求的高效低残毒的品种。