要努力解决发展小额农贷的高成本与服务对象较低经济承受能力之间的矛盾，寻找到一条保证小额农贷商业上可持续的发展道路。
目前，农村信用社的小额农贷基本上处于微利状态。据测算，支农贷款的资金成本在5%-6.5%之间，以小额农贷为主的农业贷款利率最高不得超过基准利率的1.2倍，贷款收益难以覆盖资金成本和可能产生的风险损失；同时，由于小额农贷额度小、服务对象点多面广，信贷调查、授信、审查、贷后管理、收贷收息都涉及大量人力、物力，决定了发展小额农贷必须付出较高的成本。
但农民作为弱势群体，经济实力普遍较弱，难以承受较高的利息负担，迫切要求在获得小额农贷支持的同时，能尽可能支付较少的利息成本。
解决这一矛盾，必须建立、健全、完善农村合作金融的有关法律法规，政府对扶持农村金融作出长期性制度安排，建立与农村信用社支农服务相配套的、多方面的、长效连续的扶持政策。
对农村信用社农业贷款利息收入给予长期免征营业税，鼓励农村信用社增加对农户贷款的投放；对农村信用社每年因执行农贷利率而少收的贷款利息给予财政补贴；对因自然灾害或国家政策性调控等造成的农贷资金损失，以与央行专项票据置换相类似的方式给予及时补充，确保农村信用社农户贷款的风险控制与保障能力。