据报道，开征环境税具体研究制定工作由财政部税政司、国税总局地方税司和国家环保总局政策法规司三部门联合进行。2007年11月，由财政部科研所完成的研究报告提出了环境税三种可选方案：
一是一般环境税，以筹集收入为主要目的，根据“受益者付费”原则进行普遍征收。税基可等同于或依附于现有相关税种的税基，如城市维护建设税、企业所得税等，相当于这些税种的附加。
二是污染排放税，征收原则是“污染者付费”，税基与污染物数量直接相关。依据直接排放的污染物种类，与之相对应的税种有硫税、氮氧化物税、碳税、污水税和固体废物税。
三是污染产品税，征收原则是“使用者付费”，征收对象是有潜在污染的产品，主要有能源燃料、臭氧损耗物质、化肥农药、含磷洗涤剂、汞镉电池等。对应可以征收各种污染产品税，如燃料环境税、特种污染产品税等。
中国政府首次明确开征环境税，是在2007年6月，国务院颁布《节能减排综合性工作方案》，其中一项具体政策措施即为“研究开征环境税”。同年10月，中共十七大报告提出，要“实行有利于科学发展的财税制度，建立健全资源有偿使用制度和生态环境补偿机制”，资源与环境问题被提至更高的层面。但另一方面，除第一种方案之外，后两种方案会增加化肥农药的生产或使用上的压力，企业当及早采取措施应对。