近年来，内蒙古自治区各级供销社大力发展专业合作社。目前，全区供销社系统共发展专业合作社606个，入社农户54970户，社员入股金额11007万元，帮助农牧民实现收入101526万元。主要类型为种植业养殖业,产品主要包括粮食、蔬菜、果品、葵花籽、白瓜籽、中药材及烤烟桑蚕种植和家禽、家畜狐貂养殖几大类。
总社“千社千品”富农工程实施以来，全区各级供销社积极引导农民专业合作社实行标准化生产，打造优质农产品品牌，引导专业合作社与农业产业化龙头企业的对接，发展“龙头企业+专业合作社+农户”等多种产业化经营形式，促进农产品加工转化增值。全系统606个专业合作社，纳入“千社千品”富农工程的专业合作社有56个。其中，入社农牧户39206户占入社总户数的71.3%，带动农牧户228702户，销售收入60703万元，帮助农牧民实现收入45069.9万元。这些专业合作社大多数都有自己的品牌商标。其中，赤峰市松山区果品专业合作社的“一点红” 果品系列，已在国家工商总局注册并取得技术监督部门批准QS认证。巴林左旗白音沟笤帚专业合作社“敖包”牌笤帚苗，商都绿娃特色蔬菜专业合作社的“水旋绿韵”牌蔬菜系列产品、呼和浩特小香米专业技术协会“蒙清”牌小香米等在周边地区都享有盛名。
这些专业合作社积极为农牧民提供产前、产中、产后等技术培训、指导、产品销售等服务，积极开拓销售市场，在引导农牧民进入市场，提高农牧民组织化程度，推动农牧业产业化进程中发挥着重要作用。