党的十六大以来，重庆市供销社系统以服务“三农”为己任，积极引领农村合作经济的发展，努力构建农村现代流通服务体系，开创了为农服务新篇章。从2002 年至2006年底，全市供销社累计发展了专业合作社和综合服务社6486个，占全市各类合作经济组织8282个的78.3%，农民通过加入合作社一次购买商品优惠、二次返利、年终分红和发展生产等途径，每年增收450元以上。合作社为农民增收找到了新出路。
有2700多户养蜂农民加入的大足县养蜂专业合作社，目前覆盖了19个省市和地区的养蜂农民，2006年销售蜂蜜就达1.5万吨、蜂王浆20吨、蜂花粉 200吨。行业内人士评价，像这样的专业合作社，不仅统一了养蜂技术和方法，而且还统一了生产标准和销售渠道，既保证了蜜源的质量，又减少了流通环节，降低了成本，增强了市场竞争力。合作社为提高农民组织化程度找到了新形式。
在合作社的推动作用下，各类农产品加工企业、品牌农产品和生产标准化基地快速发展。到2006年底，全市供销社系统的合作社已创办农产品加工企业226个，新建各类商品生产基地106.5万亩，培育各类农产品品牌191个，对推进农业产业化发展起到了积极作用。
重庆各级供销社按照“强县域、建网络、抓连锁”的思路，以社有企业为龙头，初步形成了“五大网络”和县、乡、村三级流通体系。至2006年底，全市建立 “丰谷”农资连锁店2742个、“新合作”日用品超市1503个、“桐君阁”大药房1448个、再生资源网点710个，基本上覆盖了全市80%的乡镇、 66%的行政村。
实施“千社千店”安全消费放心工程，从源头和流通环节上杜绝假冒伪劣商品进入农村市场。以县域为龙头、乡镇连锁超市为支撑、村级放心店为基础的农村经营网络正在形成，供销社初步实现了构建农村新型流通网络，重建供销社经营体系的战略目标。
重构农资经营服务体系。在市农资公司同市商社联合的基础上，与区县实行有效合作，逐步形成“供应商＋配送中心＋连锁放心店＋农户”的网络体系。市农资公司加强了与区县合作，做到“人无我要有，人有我莫抢”，共同做大做强。
构建农村再生资源回收体系。按照“从单一回收经营向回收、加工利用的方向转变，从传统的单个企业经营模式向联合经营的集团化经营模式转变”的思路，以绿色回收公司为载体，吸收、整合回收大户，发挥人才、资金、资源的优势，启动了社区回收网点布局， 5个分捡中心和1个大型货场正在规划建立中。
构建新农村信息网络体系。2007年，全市供销社系统与市移动公司合作，全面启动新农村信息化建设工程，当年建成信息中心1个、信息分中心39个、基层社信息服务站500个、“两社”信息服务站3000个，初步完成信息网络建设。农村信息服务平台将涉农政策法规、农业科技、务工信息、市场行情等涉农信息及时传递到农民手中。此举解决了专业合作社和综合服务社的农户在生产生活中遇到的问题，使广大农民获得收益。