在化肥淡储政策进入稳定期以后，承储企业的经营风险逐步浮出水面。综合来看，承储企业的经营风险主要有以下三个：
一是未来化肥价格难测，增加企业经营风险。
这是化肥淡储企业面临的主要风险。比如，承储企业进货价格过高，而化肥淡储到期后，承储企业必须在标的区域内及时销售库存化肥，但当时的化肥价格如果一路下滑，甚至加上国家的贴息都无法填补缺口时，承储企业将面临亏本经营。尤其是淡季出现化肥价格走高时，承储企业的压力难以想象。以尿素为例，去年尿素淡季出厂价最高时达到1850元/吨，而旺季最低价格变成1580元/吨，这样算下来，每吨尿素亏损达到270元，而国家贴息每吨才50多元钱，就是不算储存费用，每吨就要亏损220元。如果按照6万吨承储量计算，并且一吨只比进价跌100元，一年就要亏损600多万元。
二是国家化肥淡季储备政策，对企业的行为方式造成影响。
2006年，国家对淡季储备企业销售储备化肥增加了时间的限定，即要求在3月底、或4月底储备要达到一定的量；此外对每月末的平均库存数等亦有详细的规定。这就使得一些承储企业短期内抢购储备资源应付检查，也会导致价格局部快速上涨。比如一些淡季储备企业在选择储备期时，为了免除市场风险，将储备期定得太靠后，到3月、4月财政开始检查储备合同的执行情况时，企业库里没有足够的储备量，为应付检查便大量进货。此时已开始进入用肥旺季，储备企业反而从市场中抢肥源，没有资源去平抑价格，对价格上涨起到了推波助澜的作用。
三是一些承储企业的违规行为面临政策监管的压力。
在化肥淡季储备中，政府并不承担全部责任，只是对企业存货占用资金的贷款提供合同储备期内的利息补贴，贷款本金由企业负责偿还，企业经营盈亏也由承储企业承担。政府不规定专门针对淡季储备企业的销售价格，企业虽然拿到了政府贴息的好处，但是市场价格的波动风险完全由自己承担。这样，企业既想得到银行贷款和财政贴息的好处，又想规避市场价格波动导致的经营风险，设法违规就不可避免。而违规即面临着政策监管的压力。
如2006年6月12日，国家发改委经贸司发布通告，称“在化肥淡季商业储备过程中，某省化肥淡季储备联合体中的个别淡季储备企业，虚报淡季储备化肥数量，假造有关账簿，日前已被财政部驻当地专员办查处”。通告还罗列了被查处企业的违规事实，包括通过伪造尿素堆场、变造账簿、虚构交易等不正当手段伪造库存量和购进量数据，以及将淡季储备贴息资金转为小金库直接发放。