长期以来，随着农村信用社经营活动的不断深入，各项内控制度和制约机制也不断完善，目前已总结出一系列比较全面的内部管理办法，有效规避了各类风险的发生，为农村信用社快速、稳健发展系上“安全带”。但从实践运行和进一步分析近期信用社案件情况来看，有些制度已不能与快速发展的业务相适应，还存在一些亟待解决的问题。
存在的问题
一、重工作实绩，轻风险防范。个别信用社主任、职工认为只要工作做得好、业务发展快就行，内控制度就是摆设，甚至将健全内控机制与发展业务对立起来，存在着重工作实绩，轻风险管理的倾向。具体表现在：（一）对内控制度重视不够，缺乏严格照章操作的意识，既没有体会到严格执行制度的重要性，又没有认识到违章操作的严重后果。（二）对内控制度认识不深不透，把内部制度简单地理解为规章制度，把健全内控机制简单地理解为建章建制。（三）有些信用社从局部利益、个人利益出发，执行内控制度力度较弱，自我约束不够，甚至搞违规经营。例如在贷款上做文章，搞违规经营。有的信用社主任为向关系人发放贷款，越权审批贷款，跨地区放贷等，使信贷安全管理失控，增加了信贷风险。
二、重业务拓展，轻人员管理。近年来，农村信用社始终坚持为“三农”服务的宗旨，积极改善金融服务，大力投放贷款，在促进农业产业化和增加农民收入上发挥了积极作用，农村信用社业务也呈持续、快速发展态势，但一些信用社在大力发展业务的同时，却存在着“一手硬、一手软”的现象，忽视了对人员的管理。具体表现在：（一）考核体系以业务工作为主，存在着重工作任务，轻内部管理的现象。一些基层部门和贷款机构只抓业务，不抓精神文明建设，以钱管事，以钱管人，放松了对职工的思想教育和道德培养。（二）信用社主任经营行为短期化。为完成存款、收贷收息、利润等经营指标，信用社主任整天忙于外出跑业务，协调各种关系，对内部控制过问较少，内部管理力度较弱。（三）高级管理人员内控意识薄弱，法制观点不强，对内控机制则重视不够，甚至对一些屡屡出现的有章不循、违章操作的问题视而不见，认为这只是小问题，不碍大局。
三、重事后补救，轻事前控制。一是往往是出了问题，就引起了联社足够的重视，而对存在的隐患、潜在的风险有所忽视，事前预防性控制做得不够。二是治标不治本，没有从健全风险控制体系上着手。往往是头疼医头，脚痛医脚，只注重解决发生的某些问题，而没有在健全内控体系、完善内控机制上采取得力措施，使内控工作停留在表面上。三是整体风险监控偏软，没有建立科学、高效的风险预警体系。
四、重面子人情，轻制度落实。员工法律意识淡薄，思想防范意识差，部分员工有侥幸懈怠思想，认为本单位、同事不会出事，预防案件的思想没有到位，防微杜渐的措施没有到位，人情大于制度，制度让位习惯，违规操作、逆程序操作严重存在。如有些信用社的主管会计对审计中发现的问题，抱着当“和事佬”、内部问题内部解决的思想，往往大事化小，小事化了，使问题屡查屡犯。
形成问题的原因
一是产权不明晰。单位产权主体不清，加强内部控制的受益主体不明确。而在非公有单位，特别是民营企业产权明确、权责清楚，加强内部控制的受益主体也很明确。
二是没有形成法制制约的大环境，因此，在一个单位也就很难形成有章必循、违章必究的局面。
三是人员素质低。内控制度加强了，营私舞弊、弄虚作假就难了，那些私心重的领导员工就不那么愿意了。
四是内控制度的前瞻性和科学性差，执行时流于形式，责任落实难，处罚力度不够。
解决问题的对策
（一）加强人本管理，从源头防范各类风险发生。必须坚持以人为本，银行管理的核心是风险管理，人是风险管理的主体，人的风险控制不住，再好的制度、管理也要落空，相反，人的思想素质提高了，内控难题可以说就能迎刃而解了。因此必须加强员工管理，尤其是管好管住高级管理人员。一是要注重员工教育和培训，坚持“两手抓，两手都要硬”，大力加强对职工的思想政治和法制教育，深入开展“三个代表”重要思想和职业道德教育，纠正“内控就是制度汇总”的片面认识，明确内控机制建设的指导思想以及在当前形势下加强内控建设的重要性、必要性和紧迫性。二是大力开展岗位练兵、业务竞赛等方式，多渠道、多形式提高干部职工的风险防范意识和责任意识。三是对从业人员就内部控制的政策和要求进行宣传，开展事例教育，使干部职工吸收案例中的教训，做到警钟长鸣。
（二）完善内控机制，建立科学、高效的防范体系。一是要建立健全内部控制和风险防范责任制，增强风险防范意识，把内部控制作为一项长期任务，有步骤、有重点地进行实施。二是要对现有的制度进行不断的修订、补充，对现行内控制度该修订的修订、该补充的补充、该废止的废止，使内控制度趋于完善。三是完善岗位责任制，健全一线岗位双人、双职、双责的第一道防线和相关岗位之间相互监管制约的第二道监控防线。
（三）完善法人治理机制，深入推进内控建设。一是要按照法人治理和现代企业制度的要求，明确“三会一层” 职能职责分工，落实理事、监事和经营管理层人员的权利和义务，真正做到决策、执行和监督三分离。二是“三会一层”要规范决策组织和落实决策程序，提高决策的科学化和透明度，杜绝超权限、逆程序等违规决策行为。三是充分发挥监事会职能，定期开展对理事会、管理层的绩效评价工作，做好事前监督，事中监督和事后监督，有效防范决策风险和经营风险。
（四）建立科学考核制度，加大责任追究力度。一是要将各信用社内控状况作为重要的考核内容，督促信用社主任狠抓内控建设，将制度落实到每个岗位、每个环节、每项操作中。二是要建立督查考评机制，强化责任约束，实行程序化、规范化、责任化管理，将责、权、利结合起来进行绩效考核。三是严格实行责任追究和问责制。要建立严格的责任追究制度，对履行职责不到位的，哪个环节出现问题，在查清事实、分清责任的基础上，对直接责任人、相关制约岗位人员、检查人员、领导人员追究其连环责任，严格按照有关规定进行处理，决不姑息迁就。
（五）深入开展合规文化教育活动，建立风险防范长效机制。要进一步创新举措，深入开展合规文化教育活动，切实提高员工法律意识和风险意识。同时建立案件防范的长效机制，通过完善监督措施，设立和聘请监督员，设立举报箱、举报电话等方法，建立违规违纪举报奖励制度，依靠群众力量，有效防范风险案件的发生。