随着信用社内控制度的日趋完善，重要凭证在领拨、使用、销毁等方面都有了具体规定，凭证管理越来越得到重视，但在制度执行和实际操作中仍存在一些弊端，提醒管理者加以注意。
弊端一，定期检查流于形式。尽管我们有很具体的内控制度，规定内勤主任或主管会计人员每月对重要凭证进行清查，确保账证相符，但查库登记簿上的数字依表照抄，目的是为了应付上级检查，内控制度如同虚设。因此，要从思想上加强重视，把检查工作真正落实到位，以利于及时发现问题，尽早排除隐患。
弊端二，作废凭证监管不力。某省去年末发生的案件中便存在利用作废股金凭证骗取信用社资金的案件，所以作废重要凭证的管理尤为重要。重要空白凭证特别是收款收息凭证填写错误时，应由使用人销号，签章上交。管理人员加盖“作废”戳记，登记重要凭证作废登记簿。而管理人员应着重核对上交的作废凭证一式几联是否齐全，特别是交借款人一联是否缺失，各联号码是否一致。如有缺失或不一致，应由责任人查明原因，承担后果。深挖监管工作中的盲区和死角，杜绝因作废凭证疏于管理引发的结算事故。
弊端三，存放随便管理混乱。重要空白凭证的管理要贯彻“证印分管，证押分管”的原则，实行专人负责，入库保管。信用社要重经营，更要重管理，要从思想意识上对重要凭证管理给予足够的重视，避免不安全因素。还须补充说明一点，放款凭证无编号，原则上不属于重要凭证，但本着节约成本、防范案件的原则也不应乱丢乱放，随便放置，应提高对其的重视程度，阻塞漏洞，防患于未然。