国家及地方各级物价主管部门通过制定化肥的出厂价、限价、价格差率、化肥成品的运价、化肥原料运价、化肥生产所需电、燃料价格及税收优惠等办法，降低化肥价格，间接补贴农民，从而调整与分配各市场主体之间的利益。
事实证明，这种行政化的利益分配方式并不能很好地协调相关主体的利益。目前，化肥生产企业认为国家只控制化肥的终端价格，不控制其原材料、能源、动力的价格，优惠天然气价、电价在一些地方没有很好地执行，国家限价没有考虑到成本的动态性。化肥经营企业认为化肥价格倒挂，车皮紧张，“优惠运价”有价无市。铁路部门认为对化肥实行优惠运价不仅使运输企业亏损，而且使可以通过水运或公路运输的化肥挤到了铁路，加重了铁路的运输压力。农民认为化肥价格上涨过快，抵消了农产品价格上涨而获得的收益。
为了保证农民的利益，对农民进行直补就势在必行。但是，如何对农民进行直补就成了亟待解决的问题。有关人士认为，在目前条件下给农民进行直补难以操作，因为如果对农民的补贴不能真正到位，农民将无力购买已经放开价格的化肥，不利于粮食安全；即使能及时到位，农民的用肥习惯仍难以改变，只起到了降低成本的作用，对农业可持续发展还是不利的。
因此，要直补首先需要搞清楚补什么？答案就是补贴利于农业可持续发展的新型肥料。如此一来，补贴不仅能让农民得到实惠，还能兼顾农业的可持续发展，引导农民科学合理施肥，并去适应新的用肥习惯。
在通过补贴来改变农民的耕作习惯方面，良种补贴为我们提供了很好的参照。自2002年以来，中央财政每年安排专项资金实施特定品种的良种补贴，到目前，补贴品种已扩大到优质专用小麦、水稻、专用玉米、高油大豆和棉花，在2006年，仅用于良种补贴的财政支持就有41.5亿元。
良种补贴对全国优势农业区域布局规划的实施，提高作物产量，改善作物品质，增强我国农作物的国际竞争力，保障国家粮食安全，增加农民收入，贯彻中央“多予、少取、放活”的方针，有着重要的现实意义。还可以引导农民集中连片规模种植，有效地解决一家一户分散种植规模小和品种“多、乱、杂”的问题。通过推广优良品种，可以改善品种结构和品质结构，促进良种良法配套，提高各地作物一致性，有利于实现农民增收、农业增效和农产品竞争力增强的目标。
农业部种植业司副司长王守聪说：“良种推广补贴抓住了农业生产最关键的要素——良种，而且不单纯是‘补贴’，更注重良种推广和良法配套，实现了‘一补多效’。”
而新型肥料如果能推行的好，也能够起到多种效果。新型肥料不仅能提高肥效和肥料利用率，更是环境友好型的产品，是农业可持续发展的基础。因此，有针对性地选择新型肥料对农民进行补贴，同样也能达到“一补多效”。
在目前，上海、北京等很多地区已经开始对有机肥进行补贴，所产生的效果是有目共睹的。当然了，新型肥料的推广是一个系统工程，还需要政府、企业和农民的共同努力。如果能够结合补贴来促使诸多新型肥料早日用于农业生产，那么，我国农业的可持续发展也就指日可待了。