种肥是最经济有效的施肥方法。它是在播种或移栽时，将肥料施于种子附近或与种子混播供给作物生长初期所需的养料。由于肥料直接施于种子附近，要严格控制用量和选择肥料品种，以免引起烧种、烂种，造成缺苗断垄。
种肥的施用方法有多种，如：拌种、浸种、条施、穴施或蘸根。
拌种是用少量的清水，将肥料溶解或稀释，喷洒在种子表面，边喷边拌，使肥料溶液均匀的沾在种子表面，阴干后播种的一种方法。
浸种是把肥料溶液溶解或稀释成一定浓度的溶液，按液种1：10的比例，把种子放入溶液中浸泡12－24小时，使肥料液随水渗入种皮，阴干后随即播种。
蘸根是指对水稻及其他移植作物，在插秧或移栽前，把肥料稀释成一定浓度（一般是0.01％－0.1％）的溶液，把作物的根部往肥液中蘸一下即插栽。成活率高、操作方便、效果良好。
开沟或挖穴后将肥料施入耕层3－5厘米的沟、穴中，再在肥带附近拌种，种肥距保持在3厘米以上。
用作种肥的肥料要求养分释放要快，不能过酸、过碱，肥料本身对种子发芽无毒害作用。
常用作种肥的肥料有腐熟的有机肥料、腐殖酸、氨基酸固体、液体肥、微生物肥料、速效性化肥。
碳酸氢铵、氯化铵、尿素原则上不宜作种肥。尿素中的缩二脲对种子有毒害作用，若用作种肥，要严格控制用量和选用缩二脲小于2％的尿素，每667m2用量2.5公斤。
速效氮肥每667m2用量2.5－5公斤；磷铵或三元素复合肥2.5－5公斤；腐殖酸、氨基酸类液体肥稀释600－800倍；微肥一般稀释浓度到0.1％－0.05％之间。