福建省农村信用社产权制度改革到目前为止已基本完成，至去年末已有67家统一法人联社、1家农村合作银行开业，占全省联社总数95.8%，改革进程居全国第二批改革试点省份第一位。与此同时，经营机制逐步转换。推行了全面绩效考核，加快劳动用工制度改革，探索高管人员公开招聘，全面推行贷款五级分类。
2006年，福建省农信社围绕抓改革、防风险、促发展，全力支持海峡西岸社会主义新农村建设，取得了新的成效。至年末各项存款 765.22亿元，比上年末增加142.46亿元，；各项贷款543.66亿元，比上年末增加107.31亿元。贷款向“三农”倾斜，农村金融主渠道、主力军的作用和地位进一步凸显。至年末发放支农贷款余额达到389.1亿元，比上年末增加85.6亿元，增长28.2%。支农贷款余额占全省金融机构的 92%，支农贷款增量占全省金融机构支农贷款增量的118.3%。其中发放农户小额贷款余额达326.4亿元，比上年末增加72.5亿元，增长 28.6%。全省已有268.6万户农户获得农村信用社的信贷支持，占全省农户数的39.2%，全省农户户均向农村信用社贷款5680元，比上年末增加 1212元。
2007年，福建省农村信用社仍将坚持“立足社区、服务三农、城乡互动、富民强社”的办社宗旨和市场定位，以深化改革为主线，围绕五方面内容，扎实推进各项工作，实现又好又快发展。一是围绕专项央行票据兑付准备工作，着力增强改革实效性；二是围绕履行社会责任，着力提高支农服务水平；三是围绕防范和化解风险，着力提高资产质量；四是围绕转换经营机制，着力提高经营管理水平；五是围绕合规风险管理，着力推进案件专项治理工作再见成效。