在当前农村信用社改革中，县域农村信用社大多选择以县为单位的统一法人模式，其股权结构多为“资格股+投资股”，股东构成多为“自然人+法人”。
资格股秉承“合作制”的基本内涵，体现的是“人合性”；投资股基本符合“股份制”中普通股的主要特征，体现的是“资合性”。县域农村信用社采用的是一种集体所有制、合作制、股份制三者基因重组形成的“股份合作制”股权模式。
股权模式问题颇多
这种股权设置形成的表象特征：一是资格股绝对大于投资股，自然人绝对多于法人，二是入股金额普遍较小且平均化严重。这样的设置使得农村信用社在改革、发展的道路上矛盾重重。
一、“股份合作制”制度安排的内在矛盾易导致所有者缺失。与改革前农村信用社产权不清、虚拟集体所有者所造成的所有者缺失不同的是，改革后导致农村信用社所有者缺失的原因源于“股份合作制”企业的内在矛盾——实行一人一票制的社员（资格股）与追求利润最大化实行一股一票制的股东（投资股）的冲突。这种冲突主要集中在行使公益权上的方式方法的冲突，而这种冲突最终将导致法人治理结构的失效，使所有者丧失对经营者的权力约束，从而使农村信用社再度出现所有者缺失的现象。
二、路径依赖作用下国家对农村信用社的严格管制使外部人控制现象难以避免。信用社是在计划经济的法律、政策环境条件下演变发展过来的，在产权权利的设置和治理体系的安排和变革上，完全由政府主导，政府在长期的管制过程中不可避免地产生“管理惯性”, 这种惯性体现在：长期以来信用社的民主管理一直是形式，决策机构是联社党委，并非社员代表大会，“党委领导和决策+强力行业行政管理+国家负担经营风险”构成了农村信用社管理权的国有制特征。
显然，在政府“管理惯性”中所形成的“以仕途升迁作为经营成就的评价标准，个人收入与经营业绩不挂钩，信贷规模的扩张与利率政策等方面自主权较小，从而必然导致信用社的发展方向、目标市场定位很大程度上取决于政府和中央银行的行为，缺乏独立的发展方向”的情况在信用社改革后没有得到改变。
三、信息不对称及信息成本差异、廉价投票权和企业家阶层缺位等因素，不可避免地使信用社出现内部人控制现象。农村信用社长期以来的所有者缺位使农村信用社内部已形成一个特殊的利益集团——信用社职工群体。
他们既是农村信用社的股东也是信用社的劳动者，作为一个整体，其利用信息不对称条件对其它股东进行民主管理权封锁，实行对自己有利的分配政策；他们中的经营管理者又利用信息成本差异、廉价投票权、企业家阶层缺位等因素对信用社普通职工的民主管理权进行限制，实行有别于普通职工的特殊分配政策。
修缮改革漏洞的政策建议
一、取消资格股，按股份制企业制度要求设置股权，加大经营者持股比例，实行管理层控股。
资格股设置本意是既保证弱势群体参与股份合作制金融组织并享受优惠服务，同时又确保资本金的相对稳定以符合巴塞尔协议的要求。但是在县域，农村信用社已成为商业性金融机构，资格股大多属于强制性筹集所得，资格股的“门票”作用成为一个良好设想，股东缺乏参与信用社经营管理的能力和动机，其退股意愿强，稳定性较差，资格股已“蜕变”成农村信用社为达到资本充足率的一种手段。
因此，在县域农村信用社的股权设置中应当取消资格股，坚持股权结构多样化、投资主体多元化的原则和股权相对集中与防止过于集中并重原则，全面采用股份制结构。
二、按照经济型模式建立县级农村信用社法人治理结构，强化内部人控制。
所谓经济型治理机制就是指建立在股东主导型产权制度基础上的运行机制。在农村信用社职工控股的情况下，农村信用社的所有者得到进一步清晰，在此基础上，信用社应当确立“公司化”目标，以股东主导型产权制度为基础，通过股权、债权等经济型契约关系来维系各利益相关者的共同利益以建立合理的法人治理结构。
具体说来，首先应当在“以资定股权，一股一票制”的基础上建立由大股东所组成的董事会，董事会处于决策的核心地位，建立以职工为主体的监事会，监事会处于监督评价的核心地位;第二，董事会成员可以兼任各级经营管理层职务，强化内部人控制，实现所有者与经营者的利益“捆绑”，以减少委托成本，其对股东大会负责。
三、建立多元化的激励和约束机制，以保证法人治理结构的有效运行。
建立多元化的激励和约束机制是企业保持良性发展的重要前提，是有效公司治理模式中的重要内容，同时也是保护股东利益的重要保障。应当构造以绩效激励为主体，能力激励、行为激励为辅的薪酬激励机制。
一是通过员工岗位责任制和量化绩效指标,计量岗位贡献来确定员工的风险薪酬。
二是对经营管理者的报酬结构实行多元化，既包括固定收入(如基薪)，也包括不固定或风险收入(如奖金、股票等);既含有现期收入，也含有远期收入(如股票、退休金计划等)，且风险收入应主该占有相当的比例，以保证经营管理者的积极性。
三是建立声誉机制。对信用社经营业绩好的关键人，建立“人才库”存档备案，每年对信用社经营业绩好、做出贡献大的员工进行大会表扬，以提高其社会地位和荣誉。