作为一种全新的合作金融组织模式，农村合作银行在从农村信用联社向银行类金融机构转轨过程中，原有的运行模式已经难以适应新的发展需要。如何加快组织、经营、管理等模式的创新转型，充分释放组织形式、经营方式、管理机制和服务手段的内在能量，寻求平稳健康的可持续发展，已经成为新近成立的农村合作银行高级管理层亟待研究的课题。
组织模式转型
一、治理结构由虚拟化向实质化转型。在法人治理结构方面，统一法人后的农村信用社尽管建立起社员代表大会、理事会、监事会、主任室，但绝大多数仍然很大程度上停留于“形似”阶段，内部控制、三会活动不正常、理事长一人说了算等现象比较突出，法人治理结构事实上处于虚拟化状态。
农村合作银行的法人治理结构必须从制度层面向实质性运作转变，明确股东代表大会、董事会、监事会和行长室各自职责权限，正确处理好“三会”和“三长”之间的关系，严格按照公司制治理结构模式运作，真正形成相互制衡、相互监督、相互协作，以此保障高管层决策民主化、科学化。
二、组织机制由行政化向公司化转型。农村信用社组织机制行政色彩较浓，机关职能部门常以“科”、“室”命名，职能划分沿袭计划经济模式，阻滞了业务流程的组织和管理效率的提升。农村合作银行的组织机制必须围绕企业化发展方向加以创新，进行公司化设置，以降低管理成本，减少管理环节，提高管理效能。
三、组织架构由层级化向扁平化转型。农村信用社组织架构通常采取“联社—信用社—分社—储蓄所”的层级化模式，实行业务逐级授权，造成层级越低业务办理越难，与业务发展的实际需要相背离，制约了服务效率的提高。
农村合作银行的组织架构应实行“总部—支行”扁平化管理模式，总部侧重于提供结算渠道畅通、产品研究开发、业务开展指导等“平台式”服务，在根据地区经济水平、信用状况、业务需求以及支行管理水平差异实行差别授权的前提下实现充分授权，不断扩大基层支行的管理权限和管理幅度。
同时，各支行适度扩大分理处、储蓄所管理授权，以保障信息反应及时、业务决策快捷、管理效能不断提高。
经营模式转型
一、经营方向由平稳化向逐利化转型。农村信用社常常满足于主管部门下达的经营目标任务的完成，而对如何挖掘本辖区业务发展潜力，实现业务经营规模适度化和利润最大化考虑不多，使得业务经营长期呈现平稳有余、开拓不够的局面。
转为农村合作银行、引进股份制运作后，其商业化、逐利性要求明显提高，必须围绕商业化和逐利性研究和解决经营方向的加快调整。在采取有效措施保证合规经营的前提下，将存款增长率、贷款增长率、资产盈利率等业务指标下达至基层支行，实行基层支行集团承包和超利分成，调动基层支行开拓业务经营的积极性。
二、利益主体由平泛化向目标化转型。农村信用社的利益主体比较平泛，导致社员缺乏民主管理意识，员工缺乏主人翁意识、客户无利益关联意识的现象非常普遍。
农村合作银行在经营模式转型方面，首要解决的就是利益主体问题，也就是正确处理好股东、员工和客户之间的利益关系。在募集农村合作银行股份时，应当明确股东的权利的义务，按照规定做好信息披露，消除“保息分红”造成股东不关心经营的不正常现象，真正形成农村合作银行与股东的利益共同体。
三、经营主体由一线化向一体化转型。农村信用社通常沿袭行政管理模式，长期以来就形成了基层一线员工经营压力逐年加大、管理机关漠不关心业务经营的怪现象。
农村合作银行应当牢固确立“经营全行有责”的观念，尤其要引导机关围绕“基层支行就是我的客户”开展工作，将机关人员的业绩评价与服务支行质量、工作量和实际效果挂钩，实行机关中层管理干部蹲点基层支行，工资考核与基层支行经营成果挂钩，加快机关从管理型向服务型转变。
管理模式转型
一、人本管理由社会化向资源化转型。农村信用社尽管提出了“以人为本”，但没有真正将员工作为企业实现可持续发展的资源来储备和运用，未能建立一套合理的选才和育才机制；员工退出机制不畅；用人机制上“官本位”观念较为浓厚，“能者上、平者让、庸者下”的用人机制尚未真正建立。
农村合作银行应当摒弃传统的用工、用人模式，大力推行“员工能进能出、干部能上能下”的管理方式。对原有员工队伍进行合理整合，根据工作能力和工作表现综合决定员工取舍，对工作不能胜任人员通过内退、买断、解除合同等适当途径予以分流。在干部队伍管理方面，不妨通过划定干部任职年龄上限、依据任职年限给予合理补偿的办法逐步解决部分干部年龄大、能力差问题。
二、分配机制由平衡化向差别化转型。农村信用社的分配机制更多地强调平衡和平均，“大锅饭”味道很浓，工资等级主要依据工龄档次划分，与职称、学历、岗位贡献联系不紧，容易造成“能者不多劳、多劳不多得”的“养懒汉”现象。农村合作银行必须以分配机制改革为主线，实行工资差别化分配制度，逐步拉大职工与职工不同岗位和同一岗位不同贡献之间的收入差距，充分调动员工的工作主动性、积极性和创造性。
三、内部控制由趋弱化向可控化转型。农信社尽管非常强调内部控制，但由于员工制度意识不强、制度执行环境不佳，导致执行力下降、内部控制制度更多地停留于表面，并没有发挥实效。
农村合作银行应当结合国家法律法规、金融监管制度和行业管理要求以及本行实际情况，以业务流程为主线，以可操作、可控制为基础，对本行各项管理制度、岗位职责和操作流程进行清理和修订完善。在此基础上，从着力强化员工的制度意识入手，配套采取岗位牵制、事后稽核、审计辅导等措施，对违反制度和流程的人员严格对照制度加以处罚，以保证内部控制制度的严肃性。