微生物肥料是由一种或数种有益微生物、培养基质和添加物（载体）培制而成的生物性肥料，通称菌肥或菌剂，是一种间接性的无公害肥料。
微生物肥料最早是从豆科植物应用根瘤菌接种剂开始而逐步发展起来的，到现在已经形成了形式多样、种类繁多、功能各异的微生物肥料，通常可分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、解钾菌肥料、光合细菌肥料、生物有机肥料、复合生物菌肥、VA菌根菌肥、PGPR根际促生菌剂、微生物产气剂以及有机物料腐熟剂等。
目前世界上已有70多个国家和地区开发应用了微生物肥料，在欧美发达国家农业生产中，微生物肥料的使用已占到了肥料总量的20%以上，其产量每年以10~20%的速度递增。
我国微生物肥料的研究与应用，是于20世纪50年代从根瘤菌接种剂开始的，截至到2002年底，全国已有203个产品通过了国家农业部登记。
尽管近几年来，国内的微生物肥料企业都有了一定的发展，但还不同程度地存在着以下问题，其具体表现为：
其一、在工厂化生产中，普遍缺乏高效菌株，菌种资源缺乏，很多厂家的菌种都在利用同一个菌株，肥料品种单一，产生了一个菌种打天下的局面；另一方面，使用菌株不当也会带来安全隐患，一些厂家的生产菌种没有经过正规的鉴定就投入生产，也是一种不妥当的行为。
其二、生产设备陈旧。有许多生产厂是由已倒闭的小型酶制剂厂、味精厂、柠檬酸厂等改造而成的，其设备本身就效率低、能耗高，勉强生产，没有长远的发展计划。
其三、技术工艺落后。有些厂家认为只要有了微生物肥料菌种，有了相应的培养基就能够生产出微生物肥料，缺乏生产过程中的监控和检测手段，有的甚至还是小作坊式的生产方式。绝大多数生产企业本身不具备产品的技术创新能力，没有相应的研发人员，无法建立产品的质量保障体系。
其四、生产管理水平较低。许多生产厂家没有一套完整的、健全的管理制度，也就没有建立真正的服务体系，无法获得良好的经济效益。
其五、市场上鱼目混珠，假冒伪劣屡禁不止。这些年来，一些所谓微生物肥料或生态肥料，一度统领江湖。尽管主管部门三令五申，要求各地清理整顿微生物肥料市场，但由于涉及地方、部门甚至小团体的利益，一些假冒伪劣微生物肥料产品仍充斥市场，严重制约了微生物肥料产业的健康发展。（中商）