“十一五”期间化肥行业的发展战略仍将以结构调整为主题，这在2006年已经开始启动。“十一五”期间，国家将支持、推动基础肥料生产布局调整，引导基础肥料生产向资源地转移、集中；支持资源富集的中西部地区发展基础肥料生产；继续鼓励发展尿素、磷铵等高浓度基础肥料。2010年尿素在氮肥产量中的比例要达70％以上，高浓度磷肥的比例要达60％以上；鼓励发展各种缓（控）释肥和各种专用复合肥，2010年化肥复合化施用率要达40％以上；鼓励发展粒径一致的颗粒氮、磷、钾基础肥料，以适应肥料掺混的需要。国家将培育有国际竞争能力的大型肥料产业集团，到2010年，争取达到20家大型企业集团控制全国50％化肥产量的集中度，并形成2—3家在国际上有一家影响的大型企业集团。减少基础肥料生产企业的数量，提高单套装置的规模。要求大型氮肥厂合成氨平均规模达40万吨／年以上，中型氮肥厂平均规模达到20万吨／年以上。大型磷肥厂平均规模达10万吨／年以上。要求小化肥企业逐步退出基础肥料生产，转到农化服务和化肥的二次加工上来。
在产业结构调整的蓝图之下，化肥产业目前的发展形势不能盲目乐观。
产能过剩将会影响化肥行业的健康有序发展。一位曾经参与起草化肥“十一五”规划的专家介绍，预测今后国内化肥的总需求量年递增率在2％左右。农业部门预计到2010年国内化肥需求总量5500万吨—5600万吨，其中氮肥3300万吨—3360万吨，磷肥1270万吨—1320万吨，钾肥900万吨—920万吨。然而，从目前的统计数据分析，我国尿素、复合肥的生产能力已经基本满足农业需求甚至超过需求，这在目前化肥市场波动之中已经显露，如何做到化肥生产的科学宏观调控，已经成为当下迫切解决的问题。
“十五”期间，氮肥生产向资源大省集中和转移的速度大大加快，布局调整已迈出重要步伐。山西省是氮肥生产用无烟煤资源最丰富的地区，该省依托资源优势大力发展氮肥生产，成为全国氮肥生产增长最快的地区。此外，内蒙古、新疆、宁夏、云南、贵州等资源大省区也正在成为氮肥发展的重点地区。与此同时，我国磷肥工业也在市场推动之下加速发展。由于行业景气的影响，许多没有资源优势的省区也开始大力发展化肥工业，给化肥资源市场与铁路运输都带来巨大压力。中国磷肥工业协会专家表示，目前我国磷肥产业布局仍不合理，高浓度磷复肥发展过热。盲目投资、低水平重复建设，磷酸基高浓度磷复肥发展过热。他指出，没有资源优势的地区不应再布新点。
我国化肥生产资源现状依然让行业忧虑。目前，氮肥工业以煤为主要原料，无烟煤、焦炭在合成氨产量的原料结构中占主要地位，而天然气作为氮肥工业最理想的原料普遍紧张；磷肥工业的发展主要取决于磷、硫矿，中国的磷资源丰而不富、品位低，且集中在云南、贵州，开采成本高、运输费用高，而硫资源则不足，可溶性钾资源缺乏。在此境况之下，煤炭、天然气等资源价格上涨、磷矿开采的行业制约等各种因素对于化肥工业都带来直接影响，如何让资源政策与化肥产业政策合理对接，让化肥生产不再承受资源之痛是许多企业的共同呼吁。
专家指出：中国化肥产业前景光明，道路曲折，只有尽快解决好产业结构调整问题，才能推动整个化肥行业的健康持续发展。