用生物菌肥(也称微生物菌肥)拌种有促进作物出苗和分蘖生长作用，能够提高各主要器官干物质积累量。在减少化肥用量同时用生物菌肥拌种处理的情况下，与常规施用化肥相比，产量和品质均高于后者，且可以改善土壤环境，如丰富土壤微生物群体，疏松土壤，改善土团粒结构等等。但菌肥的施用方法也有很多门道，下面简单谈谈。
选用质量合格的微生物肥料：质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。应选择有可靠技术背景和技术来源、质量性能稳定的菌肥。
尽量减少微生物的死亡：菌肥要避免阳光直射，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。菌肥也应避免与有害农药、化肥混合施用。
创造适宜的土壤环境：土壤过分干燥时，应及时灌浇，大雨后要及时排除田间积水，应改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。应针对性地补施微生物必须的矿质营养。
量体裁衣选择菌肥：有些菌肥只含有根瘤菌，那就只可在豆科作物上应用，有的菌肥只含钾细菌(硅酸盐菌肥)，对缺钾土壤和作物效果较好，但对氮、磷贡献就太小了。选择菌肥时要因种而异。（谷将）