经中国人民银行批准，农信银资金清算中心于2007年1月8日起正式开办全国农信银（农村信用社、农村商业银行、农村合作银行，下同）系统银行汇票资金清算业务。全国30家省级农信银机构及深圳农村商业银行所辖机构网点可办理银行汇票兑付和代理收款业务，首批可以办理签发农信银系统银行汇票业务的有广东、湖北、湖南、山西、山东、青海等六省及河北沧州市的农信银机构网点。随着各地农信银机构网点陆续接入农信银综合业务网络系统，办理签发农信银系统银行汇票业务的机构网点范围将不断扩大。
根据中国人民银行的规定，通过农信银资金清算中心办理银行汇票资金清算业务的农信银机构（以下简称通汇行）签发的银行汇票，实行通汇行间互为代理兑付，其他银行业金融机构若收到通汇行签发的银行汇票，可通过同城票据交换将其提交给同城的通汇行审核支付后抵用。
据悉，农信银资金清算中心是由全国30家省级农村信用联社、农村商业银行、农村合作银行及深圳农村商业银行共同发起创立的全国性股份制金融服务企业。2006年4月12日，中国人民银行批准其开业，5月29日正式挂牌成立。