目前国内化肥企业享受的政策是免除增值税，天然气价格是国际市场的30%左右，铁路运价是其它货物运价的近四分之一。根据有关部门统计，化肥行业每年享受国家优惠政策约150亿元(其中税收约45亿元，原料约10亿元、电力约45亿元、运输约50亿元)，取消相关优惠政策，企业生产成本将随之增加。随着化肥市场化步伐的逐渐加快，石脑油、重油价格在国内已经完全市场化，天然气价格开始缓慢向国际价格靠拢。国家对天然气价、铁路运价、电价的调整已在酝酿之中，并极可能在2007年进行实施。目前化肥生产用原材料如煤炭、天然气等价格都处于高位，下跌空间已经较小，调整一旦实施，化肥行业也同样会在原有基础上同期或分步调整，并给生产企业的成本带来一定影响。
如果说政策的影响对于化肥行业只是猜测，原材料价格的上涨却是实实在在的。化肥是资源性产品，磷矿石、氯化钾等每种资源价格的上涨必将对化肥价格产生重要影响。尽管原料来源各不相同，但就化肥行业整体而言，生产成本将随着优惠政策的逐步取消而不断上涨，这在客观上提高了整个化肥行业的生产成本，而成本的上涨终将体现到产品的价格上。由于受到生产成本的支撑，价格不可能有太大幅度的下滑，多种涨价因素的同时作用只会更加大涨价的可能。
行业加快了对产业结构的调整，企业技术改造成本将有所增加。2006年11月底，我国正式发布了《‘十一五’化学工业科技发展规划纲要》，预计2007年将会更为有效地贯彻和实施。该规划纲要提出：“今后5年化工行业科技发展的总体目标，其中包括高新技术企业达到8%；突破30项制约行业发展的重大关键技术，自行研制5-8套大型成套化工装备，精细化工产值率达到48%左右，科技投入占销售收入的比重要达到1.5%。”这一规划纲要的实施和控制高能耗产品的初衷，尽管会有利于我国加快淘汰高消耗、高能耗的落后工艺和技术，促进产业技术升级、产业结构调整，但无疑也会增大企业对技术改造的投入，更加大中小企业被淘汰的可能。
同时，2007年环境成本纳入定价机制已经是大势所趋，而市场的放开和外资的全面进入加大了化肥行业间的博弈，并可能增加营销等费用的支出。不过市场价格最终的上涨幅度将视复合肥企业能够牺牲或者付出多大的利润为前提。但是，目前的现状是化肥行业赢利能力普遍偏低，据行业协会统计，以氮肥为例，在目前的一系列优惠政策下，“2006年前11个月我国氮肥行业的利润率为6.63%。”还有数据显示，2006年国内复合肥企业亏损面达四成。在诸多上涨因素的制约下，可以肯定的是，2007年复合肥生产企业的获利空间将受到进一步压缩。