入世之后，考察我国农产品进出口的结构可以发现，在占农产品贸易总额85％－90％的15类农产品中，有8类农产品呈现净出口增加或净进口减少趋势，其中又可细分为4种类型：
第一种是非常具有竞争力的主力净出口农产品，包括水产品和蔬菜、水果。中国总是稳定地在出口这类农产品，每年净出口额为几十亿美元；第二种是重要的净出口产品，包括茶与咖啡，每年净出口额为1亿至10亿美元；第三种是有大幅波动但稳定净出口的产品，包括肉类、烟草；第四种是有净出口趋势的产品，包括谷物等。大米、小麦、玉米等谷物出现净进口显著减少甚至净出口，是我们始料不及的。10多年前，中国还在大量进口谷物，但在入世几年后呈现出了不同的态势。
在15类主要农产品中，另有7类处于净进口局面。这7类又可大致分成3种类型：第一种是制造业（纺织）部门的原料，包括棉花、皮、毛、丝等；第二种是动物产品部门的投入品，包括大豆等油料。中国目前每年进口1000多万吨大豆，这一点也出乎研究者意料；第三种是需求超常增长的，即牛奶。过去五年，中国的牛奶需求出现了一个“大浪”式的增长，尽管国内牛奶产量以每年30％的速度增长，但仍然赶不上需求。虽然有些农产品进口大幅增加，但国内产量也在同步增长，如棉花、大豆、羊毛、牛奶等产品，这就说明国内产品并没有被进口品所替代。同时，农产品原材料的进口增加，也支持了一些中国具有比较优势的产业的发展。过去５年，棉纺织业就业人数有明显的增加，约300万左右，而且，增加的就业人员大多是农民工。
但喜中也有忧。2004年，中国农产品对外贸易首次出现逆差，全年逆差48.83亿美元，到2005年逆差回落，缩小至14.64亿美元。但今年上半年中国农产品贸易逆差再次大幅增长，1-6月份贸易逆差已达21.5亿美元，超过去年全年规模。今年上半年，我国的农产品贸易逆差已超过去年全年的规模。目前，我国有90％的农业及食品出口企业受国外技术性贸易壁垒影响，造成每年损失约90亿美元……这一连串的数据，让广大农产品生产者感到形势有些不妙。
与此同时，当我国一些有比较优势的农产品走出国门时却发现自己遭遇到种种障碍，“绿色壁垒”便是一个引起广泛关注的话题。以日本为例，自该国今年5月29日起实施食品中农业化学品(农药、兽药及饲料添加剂等)残留“肯定列表制度”后，我国农产品对日本出口应声而降。以广东为例，6月份，广东蔬菜、水果对日本出口下降幅度分别达到三成和二成七，茶叶、食糖、蘑菇罐头对日本出口量更是急剧下滑超过五成。今年1-8月，广东有54家农产品出口企业遭受15个国家的退运，退运金额比去年同期增长了1.4倍，出口企业面临的形势不容乐观。
不过，这些问题虽然给中国的农业带来暂时的阵痛，但是从长远来看，它却有利于中国农业的升级和产品竞争力的提升。例如，发达国家的“绿色壁垒”会从另一方面迫使企业和各级政府积极提高农产品的质量安全水平，尤其是标准化水平。据农业部的数据，“十五”期间，中国加快农业标准化修订步伐，制订的农业标准数量是此前农业标准制订数量总和的1.6倍，大大提升了农产品的质量安全水平和竞争力。
当然，中国的农业问题需要持续的观察。在入世五年之后的今天，我们有必要对照实际的经济发展情况，重新审视并评估中国农业在开放环境下的表现。这对于我们认识中国经济运行的规律，考察农业及与农业相关的其他问题，是非常有意义的。