生物肥料能均衡调节农作物所需的各种营养元素，有固氮解磷释钾功能，能提高作物防病、抗寒和抗旱的能力，并具有改良土壤结构，消除土壤板结，提高农产品品质的功效，有利于保护生态环境。按说生物肥应受到农民的欢迎和依赖，但到目前为止，生物肥却仍然推而不广。
产品宣传推广力度不够。生物肥料之所以未能普及推广开来，主要原因是全社会推动农民使用生物肥的推动力不够。这种推动力包括各级政府推荐、制定政策等，还包括广播、电视、报纸的舆论作用。转变我国农民用肥的传统观念任重道远，如果单靠生产企业推广势必势单力薄。生产厂家和生态科普者的宣传推广，可使部分农民对其有了一定认识，但多数农民在概念上仍将其等同于氮磷钾肥，大部分农户对生物肥的功能还是一无所知。因此各级政府、农技推广部门应增强推广生物肥的意识，加大生态农业的宣传、推广力度。
农户使用方法有待改进。有些农户认为，既然是用了生物肥料，就可以不用氮磷钾等肥料了。却不知只有在施足氮磷钾等肥料的基础上，生物肥料才能更好的发挥作用，也可以适当的减少化肥的施用量，但不可按经济价值替代化肥和有机肥的投入。特别是农户在使用生物肥时，不可沿袭化肥的施用方法，如在干旱或干燥的条件下施用，一定要浇水并保持土壤有30％的水分，不可与杀菌剂、杀虫剂混用，不可撒施于土表。施用不当就会影响到生物菌肥的功效。
生物肥料生产良莠不齐。我国现阶段生产生物肥的企业大多都是民营企业，其中有极少数企业不具备生产的技术、设备条件，难以生产出质量可靠的好产品，影响了生物肥的信誉和发展前景。因此，除加强生产许可证制度和质量管理外，对于用户而言，要注意的是选用的生物肥料必须是在省级以上农业主管部门办理了农用生物肥料登记生产许可证的产品。 （牟水元）