农信社应积极探索保证产权所有者知情权、决策权和监督权的有效形式，加快形成理事会、经营班子和监事会的决策、执行和监督机构“各负其责、协调运转、有效制衡”的法人治理结构。
建立健全内部管理机制，实施规范科学化管理。 一是全面强化内控机制建设，建立科学的内部授权、授信、内审、信贷问责等配套制度。严格落实审贷分离制度，设立了贷款调查、审查、决策三个委员会，形成相互制约和监督，增强了贷款决策民主性，有效地防范信贷风险发生。对大额信用贷款实行层层把关负责制，由信用联社贷款管理办公室调查，形成贷款申请报告，报经主任委员同意，召开审贷委员会，由成员采取计名式投票方式签署自己的意见，然后汇总结果，充分尊重审贷委员意见，达成共识，形成审批结果，报经理事会咨询备案。通过采取这种公开、透明、民主的决策方式，有效地规避信贷风险。二是加速标准化进程，夯实内部管理。建立完善岗位责任制度和制定规范的岗位管理措施。三是落实“两务”公开制度，对党政关切的、职工关心的、社会关注的都要公开，如职工评先、干部任免、工资晋级等都纳入社会监督，增强了公开透明度。四是落实行风监督制度，联社、信用社编制征求意见卡，设立举报信箱、投拆电话，在社会各界聘请行风监督员，聘请这些社会各界行风监督员监督行风建设的落实，同时坚持推行廉政办贷，有效杜绝违法违纪行为的发生。
强化激励机制，大力推行干部聘用、劳动用工、工资制度改革，增强经营活力。一是严格实行工效挂钩的工资分配制度，实行绩效挂钩的动态管理机制，以上年底人均盈余额度确定工资等级，实行以岗定薪的工资分配办法。二是推行激励机制，推行结构工资制，按照工效挂钩原则适当拉开不同岗位、不同贡献人员的收入差距，推行“3、6、1”工程，即对30%的优秀员工工资上浮10%；对60%的员工保持工资不变；对10%的不合格员工下调10%工资，彻底打破分配上的平均主义，鼓励全社员工树立争优创先意识。三是公开选拔优秀人才，干部任免阳光操作。进一步优化人力资源组合，真正使一批作风正派、业务强、懂管理、文化素质高、德才兼备的青年业务骨干走上中层领导岗位，使想干事的人有机会、会干事的人有平台、干成事的人有地位。
建立强制性信息披露制度，强化外部约束机制。在健全内控制度的同时，在经营管理、股权管理和财务报告等方面建章立制、建立强制性信息披露制度，逐步规范财务会计信息、审计信息和非财务会计信息，提高信息的真实性、完整性、及时性和相关性，定期披露财务会计报告、风险管理状况、法人治理结构、重大事项等信息，提高经营透明度，建立有效的约束机制，强化信息披露，增强利益相关者对农村信用社的约束，充分发挥利益相关者特别是广大农民对农村信用社的监督约束作用。