测土配肥的混配准确性
按照科学的施肥配方进行肥料混配是科学测土配肥的重要环节之一。测试再准、配方再科学合理，如果不能达到肥料科学均匀的混配，尽管肥料总量和总配肥比例是科学的，但肥料施到具体地块和作物植株时就不是真正的科学配方肥，因而也就不能实现真正的科学测土配肥和农民节本增收。肥料混配需要解决两个问题，一是谁来混配问题，二是如何混配问题。
谁来混配
目前中国测土配肥行动的配肥混肥主体是多样的，主要有四种主体：农民自己、肥料经销商、专业配肥站、复合肥生产厂家。适合作测土配肥混配生产的应是技术手段、机制和利益与农民科学配肥利益相一致的主体。
农民自己混配肥
农民自己混配肥是农民根据有关专家或单位出的施肥配方，购买肥料回家自己混配。农民自己配肥虽然有责任心，但由于中国目前种地的农民主要是较低文化科技水平的老年人，很多人连计量问题都搞不清，很难保证肥料混配准确、均匀和肥料质量。最主要的是农民个体很难有保证肥料混配准确、均匀的工具、手段，农民自己经常使用铁锹混拌配料很难判断混拌质量的好坏。特别是农民无法判断所购买肥料的质量和养分含量，很难把握混配肥的质量。
肥料经销商配肥
目前经销商配肥大多数是为增加肥料销售量。在全国性测土配肥大行动中，虽然很多经销商也购买了仪器设备，进行所谓的测土配肥，但由于不具备的科学测土配肥基础能力：技术、人才和装备，不能进行真正的科学测土配肥。目前的经销商也不具有混配肥的设备和生产条件，能做的仅仅是按总配肥量和总配肥比例供应给农户。
复合肥厂家生产混配肥
复合肥厂家配肥主要是销售自己的产品，复合肥生产设备不能生产有针对性的配方肥，因为复合肥生产设备特点要求规模化、批量生产，否则生产成本很高，农民难以承受。所以，复合肥厂，特别是大型肥料企业不适宜搞真正的科学测土配肥。复合肥企业往往从企业利益出发，搞所谓的大配方、平均配方肥和作物专用肥。
专业混配肥站（厂）
专业混配肥站（厂）是使用专业工具、设备和人才从事混配肥生产的部门、企业。测土配肥站使用专业设备后可以实现一户一配，一地一配的针对性混配肥生产，使用专业工具设备后使混配肥生产质量有了规范和有效控制，从而实现真正意义的科学配肥和精准配肥施肥。
如何混配
混配肥较早兴起于美国，一般装置生产能力3-5万吨／年，销售服务半径50英里。到20世纪90年代，美国约有8000套装置，产量占美国总产量的70％。混配肥在世界其他地区也得到迅速推广，1988年马来西亚的掺混肥用量已达化肥总用量的70％，1986年巴西掺混肥用量达约70％，日本80％用掺混肥,而我国自80年代起也进行了相应推广。然而，迄今混配肥（BB肥）在中国基本上还没有推广成功。
中国推广混配肥不成功的原因可能有三条：一是某些BB肥厂的经营目的、理念不正确，把农民的信任视为骗取农民财富的发财机会了。二是一些BB肥厂没有进行认真的测土配肥，采用的配方不够科学合理，因而没有达到农民真正收益的效果。三是混配技术、设备条件不具备。许多简陋的混配肥厂采用人工、铁锹进行肥料混配，很难把握混配质量，混配质量取决于混配工人的自觉性和对混配质量把握的经验。退一步讲，有混配设备的配肥站的生产设备条件、技术条件未能达到科学、精确、均匀混配肥的程度。传统混配肥设备是离心式的，其混配均匀的前提条件是肥料原料的颗粒度、比重要一致。这在以前或以后相当一段时期都是难以达到的。
因此，解决混配精确、均匀的问题还应从混配设备方面入手。混配肥设备要解决两方面问题：一是计量自动化和计量精度达到配肥要求，并且应尽量排除人为因素。二是混配肥的均匀程度（质量）不受原料的颗粒大小和比重的影响。
科学测土配肥的时间
科学测土配肥也是一个科学生产、供应肥料的问题，所以它具有农业生产资料购销中原有的问题：如，时间紧、供销活动集中、一次性购销量大、需要事前大量储备肥料、需要大量流资等。然而，科学测土配肥比传统肥料购销的时间、资金问题更突出，更困难。因为测土配肥是一个（链条环节）系统和过程。测土配肥的全过程（链条环节）依次是：
测土准备。仪器、药品、物资工具准备、购买；人员培训；经营管理、宣传（政策）准备；人员宣传、动员、组织等都需要相应的时间。
取送土样与填写（农户、种植）土地档案。测试人员自己取土样需要出差、下乡和往田间地头跑，这需要较多的时间。虽可保证土样的代表性和测土准确性、精确性，但不可普及和大范围进行，时间长、工作量大、成本高。虽农民自己取样、送样时间短、成本低，可普及和大范围进行，但难保土样代表性和测土准确性、精确性。
土样处理与标定。待测试的土样要进行均混分样、干燥、粉碎、过筛等处理和标定等工作及时间。风干土样需要（3-5天）时间较长，土样烘干虽然时间短，但容易造成养分丢失。特别是对土样的具体情况（如：户名、取土时间、地理位置、地貌、种植历史、施肥历史、计划种植情况）要登记和标定。这些也需要一定的时间来进行。
土样检测。土样测试（量样、浸提、稀释、显色、定容等）、出测试报告与建档。不同的测土方法测试时间不同，传统测土（碱解氮）时间为 20多小时/样，ASI法大批量测试每个样平均测试时间每样为25分钟/台，速测仪速测时间大批量平均每样为20分钟/台，单样测试需要30-60分钟/样。如果考虑打印测试报告和建立土壤档案则需要更多的时间。
制定施肥配方与方案。 针对性施肥配方需要结合具体地块测试结果、作物历史产量、施肥量和作物营养需求曲线、肥料流失曲线等多种因素来进行。由于农户种植和施肥历史不同，每一个农户针对性施肥配方都需要一定的具体问题研究和配方设计时间。即使地区综合性大配方（平均配方）也需将地区土壤分类分区、作物分类后计算测土平均值，再进行配方设计，因此也需要一定时间。
与农户确认施肥配方和供配肥协议。若不与农户事先约定施肥配方和供肥计划，混配生产出的肥料可能会被拒绝而积压，何况针对性配方肥是不适合再用于其他农户。若与农户签约或确认施肥配方，就需要一定的时间来处理此事。当然，若能在测土前与农户事前签订测土配肥服务，就不必再签订配肥配方确认书了。
根据农户确认配方制定购肥计划。核算配肥站管辖范围内用户需肥品种与数量，确定配肥原料采购品种与数量，与配肥原材料厂家联系、协商供货。
混配肥生产原材料采购与运输。
混配肥生产加工。若配肥站每天配肥生产能力为20吨/天，每乡配肥5000吨的话，需要生产加工时间为250天。
混配肥产品配送。配肥站要组织运输把混配好的针对性肥料送到离农户购取方便的经销商、供应商。
农户肥料购买与学习。由于农民资金或私人事件问题，需要留给农户购买、领取混配肥的富余时间和熟悉混配肥使用方法的学习时间。
农技员施肥指导与农户施肥。农民施肥需要视天气条件，有些农民需要农技人员上门指导，所以施肥时间也可能是一个小时间段。
在上述测土配肥（链条）过程中，前一个（链条环节）过程是后一个（环节）过程的前提和条件，依次类推。可见，科学测土配肥不适宜搞集中性测土或集中开施肥配方，也不适宜搞（单点的）大型配肥站（中心）。科学测土配肥的时间特征要求搞多点或面式（同时进行的）群众性行动。