农信社的稽核部门依法对信用社的业务和财务活动所进行的监督和检查，它介于决策和执行之间，是对决策者负责并保证决策者领导职责的充分发挥，是相对独立、较为超脱的一种再监督。
可以说，稽核工作的好坏直接关系到农村信用社的经营方向和效果。但从目前农村信用社的稽核现状来看，稽核职能发挥不尽人意，尚需进一步完善加强。
切实提高稽核部门的地位，树立稽核监督的权威。把是否重视稽核工作作为农村信用社高级管理人员政绩考核的一项重要内容，切实加强稽核监督力度，赋予稽核部门相对独立的处罚权，加大对内控制度执行情况的监督；其次，赋予稽核部门对重大事项的参与权，信用社业务、财务部门的重大决策，都要有稽核部门参与，变事后监督为事中参与，减少决策失误的发生；第三，农村信用社高级管理人员离（拟）任稽核要严格按规定认真执行，未经稽核，不得离（聘）任，把稽核结论作为任免、提拔干部的一个重要依据。
加快改革稽核体制。为保证稽核部门在工作中处于超脱的地位，减少同级的干预，应借鉴商业银行垂直设置稽核部门的模式，改变现行的稽核部门平级设置模式，一是实行上级单位派驻管理制；二是将稽核人员利益与本级信用社利益相脱离，即稽核人员的提拔、任免、调资、晋升等，均由上级单位管理；三是完善现在的内部稽核制度，进一步明确稽核部门的性质、职能、任务、职责、权力范围，保证稽核部门有效行使职能。
完善稽核体系，健全监督机制。一是要建立高管人员责任制，确立案件发生后对高级管理人员实行责任追究制度，以促进县(区)联社强化内部管理的积极性；二是要借鉴“四眼原则”，对一些重要岗位，要推行轮岗制和双人劳动组合制度，保证业务活动的全过程受到监督和制约。
改进稽核方式，拓展稽核领域。在落实监事会制度的同时，坚持序时稽核和后续稽核相结合，促使农村信用社各项业务管理工作的规范化和制度化。稽核领域应进一步拓展，保证被稽核单位各项业务经营的每个环节都在监督之下，不留死角。对于一些大额费用开支，应采用委托方式，引进具备知识和信息优势的外部主体来进行再监督。
建立稽核网络体系，增强稽核部门力量。依托现有的稽核队伍，建立一支专职稽核为主体、兼职划片稽核为辅的内部稽核网络体系，统一领导、统一培训、统一要求、统一制度。市一级成立稽核大队，负责辖区内的专项稽核；县、乡信用社实行稽核员分片包干责任制；5-6个法人机构必须配置一名专职稽核员，对所包机构进行常规稽核和序时稽核。在稽核人员的选配上，要将思想过硬、业务过硬、作风过硬的优秀人才充实到稽核部门中，同时要加强稽核部门人员的培训，建立健全稽核人员岗位责任制，严格稽核人员的奖惩制度。对于在稽核工作中不徇私情、秉公办事、工作成绩突出的稽核人员，要给予必要的奖励，优先提拔、任用；对于不适合在稽核部门工作的人员，要坚决予以调换，把稽核部门建设成为人员素质高、工作质量好、办事效率快的内控制度监督部门，真正起到为农村信用社健康发展保驾护航的作用。
加大稽核处罚力度。内部稽核处罚制度是信用社内部稽核工作体系的有机组成部分，严格执行稽核处罚是提高稽核整改率和有效性的一个重要途径，随着国务院《金融违法行为处罚办法》的颁布实施，各级信用社管理部门也出台了“稽核处罚办法”。目前首要任务就是如何有效地实施这些办法，稽核部门应本着既积极主动又慎重的原则，既要动真格又要动脑筋，可采取“三先三后”的操作方法，即先舆论后行动，宣传在先，处罚在后；先典型后一般，逐步推行；处罚力度上先轻后重，从只查不罚，有查有罚到查实必罚，再对责任人进行处罚，使每个人都感到依法经营与自身息息相关，进一步增强全社员工依法合规经营的自觉性。