农村合作经济组织作为联系社会各经济主体间利益互动的纽带，对实现农业产业化经营和城乡一体化建设，发挥着桥梁、中介和示范作用。中共十六届五中全会提出，要鼓励和引导农民发展各类专业合作经济组织，提高农业的组织化程度。农业部在2006年7月宣布，中国农民专业合作组织总数已超过15万个，农民专业合作组织成员数量达到2363万人，占全国农户总数9.8%。目前，全国有25个省、直辖市、自治区制定了促进农民专业合作组织发展的政策意见，为促进农民专业合作组织发展创造良好的环境。
我国农民专业合作经济组织的发展已经经历了自发发展和政府倡导发展的两个阶段。实践中已经出现了符合合作组织规范性要求的一些好的合作组织典型和好的发展经验，但总体上农民专业合作经济组织的发展还存在“难发展”的问题。
1980年代初期至1990年代初期。合作领域窄、层次低，会员与合作组织之间呈现“松散型”关系，当会员掌握某些方面的技术后，组织就处于自生自灭的状态。1990年代初期至末期，农民合作组织由技术合作型向技术经济合作型升级形成了“公司＋专业合作经济组织＋农户”的产业化经营模式，在更宽的领域和更大的范围内为农业和农村经济发展服务。从本世纪初到现在，我国发展农民专业合作经济组织的工作已经进入了一个新的阶段。
但是，仍有许多问题需要解决。首先，干部的认识和能力与发展的要求有差距是关键所在。当前，仍有不少地方领导对农民专业合作经济组织的发展心存疑虑。同时，相当一部分县乡领导干部对本地的各类合作经济组织了解的少，缺乏创办的热情。不少部门和领导仅把发展农民专业合作社作为发展农村、农业和农民的权宜之计，农民专业合作社发展工作还没有摆到重要的位置。
其次，支持政策不完善，可操作性还不强，影响了合作组织的正常开展。如某省连续下发了两个文件，但可操作性强的扶持政策很少。相关部门多数没有做出反应，也没有出台相应的配套政策，致使农民专业合作经济组织依然存在登记门槛高、资金紧缺、贷款难、公共服务缺位，技术供给不足等问题。
因此，合作组织应该建立一个强有力的综合协调和领导机构，规范合作组织的章程和制度、合作组织的工商登记和规范合作组织的服务内容。与此同时，要进一步加大扶持力度，促进合作组织增强服务能力、拓宽服务领域。加大财政扶持力度，资助一些有一定产业基础，带动性强的农民专业合作经济组织，支持他们拓宽服务领域和增强营销能力。
最后，要营造农民专业合作组织发展的良好环境。一是促进农民专业合作社发展走上法制化的轨道。二是切实加强各级政府的有效引导。三是组织和动员各种社会力量，为农民合作组织发展提供支持服务。