申请材料要素必须完备
从农信社改革试点以来，人民银行、银监会相继制定出台了一系列专项票据兑付考核办法、操作程序、实施细则。
在申请材料中，必须根据银发〔2004〕253号、银发〔2005〕112号、银发〔2005〕247号和《农村信用社改革试点中央银行票据兑付考核工作实施细则》等规定，全面反映法人治理结构、内部管理、信息披露、提高资本充足率、降低不良贷款比例、专项票据置换资产管理、经营财务变化、支农服务水平变化、地方政府扶持政策等方面的制度建立和执行、实施进展及成效等方面的情况。
在具体反映过程中，要根据每个文件要求表述面面俱到，能反映的要详细反映，不能详细反映的也要表述若干句话，以确保申请材料的完备性。
基础资料必须齐全
专项票据兑付考核重点是审查申请报告，而申请报告则是各项基础资料的反映。
要在确保申请报告与基础资料相衔接的基础上，备齐各项基础资料，如“三会”会议记录、会议决议、会议纪要，“二会一层”绩效评价实施材料，“二会一层”专项审计和离任审计实施材料，考试录用、末位淘汰考备材料等。
如果基础资料有缺陷，则应采取补救措施。同时要注意基础资料与申报材料两者不能有矛盾，完善法人治理结构不能超越《章程》的规定；入股条件、股权设置、股金管理要与募股公告和《章程》相适应；票据置换贷款管理、呆账贷款核销、不良贷款责任追究等要在符合规定的前提下，将操作的程序、方法和成效反映在申报材料中。
各项附件资料应按照考核明细表排列，并要有相关负责人的亲笔签字及加盖公章。
存在的问题详细准确说明
专项票据兑付考核环节多、要求高，农信社的某些实际工作有可能不符合考核要求，如不良贷款认定不符合央行规定要求、固定资产占比高于50%、有关费用超比等。这些存在的问题已既成事实，且无法改变，那么就要加以说明，如哪一项费用超比的就要说明这一项情况；哪一年费用超比的就要说明这一年费用情况；对于不良贷款认定说明，要在符合占比降幅50%以上或占比低于5%的前提下加以说明。说明材料作为申请报告的附件，并在申请报告中注明。