内部控制是由企业董事会、经理以及其他员工为达到财务报告的可靠性、经营活动的效率和效果、相关法律法规的遵循这三个目标而提供合理保证的过程。内部控制包括控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、监督五个相互联系的要素。这个由“三个目标”、“五个要素”共同构成的内部控制的定义，得到社会各界普遍认可，成为迄今为止世界上最为权威的概念。
内控存在的问题
内部控制环境。控制环境是内部控制的核心，农信社内控环境存在许多问题：一是法人治理不够完善，股东过于分散,“三会”流于形式，理事长、主任虽然实行分设，但二者之间主任仍然是一、二把手的关系；二是经营理念落后，仍然习惯于计划经济条件下的经营管理方式，重经营、轻管理、缺乏风险意识；三是尚未形成内控文化，职工普遍缺乏内控意识，有章不循、违章操作的现象屡禁不止。
风险识别与评估。风险管理主要包括风险识别、风险评估以及风险应对三个阶段。目前，农村信用社缺乏风险意识，尚未建立一套完整的、科学的风险管理机制。风险的识别与评估完全依靠经验，手段落后、人才匮乏，难以对风险进行有效的识别与评估。
控制措施。控制措施具体包括两个内容：一是建立各项规章制度，包括各项业务操作程序；二是检查这些内控政策与程序的贯彻和落实。但对于农村信用社，首先原有的规章制度不够完善，大多比照农业银行制定，与农村信用社情况不符；其次是出现不少的制度空白，业务早已经开展就是不制定相应制度。最后是制度的贯彻执行情况，普遍存在有章不循、违章不纠现象。
信息交流与反馈。一是会计信息失真，不能准确地反映出其经营状况。二是信息传递渠道不畅，从上到下层次太多、链条冗长，容易出现人为拖延、理解偏差，职能部门之间的沟通也不够，达不到及时、可靠、可用的要求。
监督评价与纠正。目前，农信社内部监督体系残缺不全，内部控制缺乏足够的约束力。一是业务部门的监督流于形式，以授信为例，制度明确规定授信审查人、审批人之间的权限和工作程序，严格按照权限和程序审查、审批业务，不得故意绕开审查、审批人。但实际操作却扭曲这一程序，许多贷款不是先向信贷部门提出申请，由信贷员进行必要的信用分析，再逐级上报审批。而是客户先找主管领导，再自上而下层层指派，最终由具体经办人员办理。这种逆向操作不仅人为掩盖了借款人的信用风险，而且使农信社的正常业务秩序和内部控制程序遭到干扰和破坏。二是稽核监督软弱无力。农信社的稽核制度虽然早已确立，但一直隶属于管理层，其人事任免、工作经费、人员配备等都要受制于日常管理，缺乏应有的独立性，致使稽核工作软弱无力。
建立和完善内部控制
实践证明，一个强有力的内部控制能够使农村信用社达到长期盈利,保证财务报表与管理报告的可靠性、完整性和及时性、保证国家法律法规以及内部规章制度的贯彻和执行，从而有利于农村信用社的生存与发展。
中国人民银行的“指引”和巴赛尔委员会的“框架”，对于农村信用社内控制度的建设有着重要的指导意义，特别是“指引”，内容详实、具体，具有可操作性。农村信用社应认真学习，更好地完善其自身的内部控制。
农村信用社属于区域性金融机构，主要为“三农”服务。这次改革，省联社成立，县（市）联社统一法人，即使没有实行统一法人的农村信用社，多年来县（市）联社实际对基层也是实行着“准一级法人”的管理。为此，农村信用社上下基本保留两级法人机构，即省联社和县（市）联社。由于省联社一般不对外开展业务，只对内实施管理、指导、协调和服务；县（市）联社与省联社不同，既对外开展业务，又对内实施管理，是农村信用社的中枢环节，它的内部控制至关重要，是农村信用社内控建设的重点。
鉴于农村信用社改革尚需进一步深化，省联社成立后要进一步加强农村信用社，特别是县（市）联社的内控制度的建设，应重点做好以下几项工作：一是继续完善其“法人治理结构”；二是建立健全各项规章制度，包括各项业务操作流程；三是完善内部审计制度，加大各项规章制度贯彻执行情况的检查力度，坚决杜绝有章不循、违章不纠的现象；四是经常对内控制度的有效性进行检查、评估，发现问题及时纠正。
要重点关注内部控制的五大要素：一是内部控制环境。要建立良好的“法人治理结构”，使农村信用社全体工作人员能够充分了解内部控制的重要性以及自己在内控过程中的作用，并形成相应的内控文化；二是风险识别与评估。农村信用社必须能够充分识别、评估影响其实现经营目标的各项重大风险，并采取有效措施对之进行持续的监控；三是控制措施与职责分工。要建立适当的控制结构，明确每一业务层次上的控制措施。要明确划分部门之间、岗位之间、上下级机构之间的职责，建立职责分离、横向与纵向相互制约的机制；四是信息与交流。要确保内部财务数据、经营与合规性数据的可靠性、及时性，并建立能覆盖所有重大业务活动的管理信息系统，同时保证信息的充分交流；五是监督与纠正。应当由独立、受过良好训练并具有合格工作能力的人员对内控制度进行有效而全面的内部审计，内部审计应直接向理事会及高级管理层报告工作。