农村信贷资金问题是一个系统性工程而非局部性工程，农村信贷资金的流向与农村经济息息相关，客观、全面地对资金流向进行分析，认真、及时地解决资金流向发展过程中出现的问题，对农村经济的健康快速发展，具有重要的经济和政治意义。正确引导农村信贷资金流向，使之能更好地服务于农民、农村、农业，必将会对整个国民经济的持续稳定发展发挥更大的促进作用。
信贷资金存在供需矛盾
由于信贷运作方式的限制，一些行业得不到足够的信贷资金支持，发展相对滞后，长此以往将对农村经济的整体发展造成不良影响。从近几年信贷资金的投放情况来看，农村信贷资金在各行业的投放并不均衡，相对农副产品加工业而言，对劳动密集形加工业和规模种养殖业所需的长期贷款投入相对较少。在农产品结构调整战略中，规模种养殖业占有重要的位置，这是降低农业成本，提高现有农产品效益的最直接的手段，同时也是民族农业持续发展的保证。但由于种养殖业的周期长、风险高、不确定性强，出于自身经营的目的，各农村金融机构投放此类贷款的热情都不大。近几年规模种养殖业并无太大发展，除去农民自身的技术原因外，无法获取足够的发展资金也是阻碍这一行业发展的重要原因。
完善农村信贷保险机制
完善农村信贷保险体系。建立政策性农村信贷保险公司和互助合作保险组织，鼓励现有商业保险公司开发农村信贷保险业务，同时引进在农村信贷保险方面有专长的外资保险公司，形成多种形式、多种渠道的农村信贷保险体系。
加大对农村信贷保险的政策扶持力度。建议保监会与有关部门沟通协调，争取在立法、税收、再保险和农业风险基金等方面给予支持，加大政策支持与财政扶持。同时应尽快建立财政支持型农村信贷保险体系。财政支持型实质上是国家支持型，包括利用财政、税收、金融、再保险等经济手段以及其他技术支持发展农村信贷保险。由于我国财政实力有限，不可能无限制补贴农村信贷保险的亏损，应坚持量力而行的原则，主要采取对经营主体的经营亏损进行补贴。建立农村信贷保险的再保险机制，经营农村信贷保险的主体必须建立同中国再保险公司的业务关系，中国再保险公司通过再保险方式代行国家支持农村信贷保险的职能。中国再保险公司在其经营农村信贷保险过程中，为体现财政支持的作用，可考虑不向农村信贷保险经营主体收取再保险管理手续费。
加强农村信贷保险的法制建设。加强农村信贷保险的立法是建立我国农村信贷保险制度的关键一环。需要用法律形式明确农村信贷保险的政策性属性、各级政府的管理职能和支持作用、保险费率形成机制、经营主体应该享受的政策支持、农村信贷保险补偿体制框架、农村信贷保险再保险机制、政府各部门的协调机制等内容，避免政府支持农村信贷保险的随意性或因财力问题而忽视对农村信贷保险的支持，并以此提高农民的保险意识，促进农业持续稳定发展。
培育农村保险市场。农村信贷保险应涵盖大农业范畴，为整个农村经济的产、供、销全过程提供全方位、系列化、立体型的保险服务。因此，应大力推进农业产业化进程，创造更好的市场环境，促进农村信贷保险的发展。可参照国际经验，实行“一条龙”配套运作，把科技服务、供销服务、信贷服务、救济措施、气象服务、防灾防损与保险等项目进行统筹运作，解决农民生产资金不足和风险保障问题。此外，基层政府和保险机构应加大对农村信贷保险的宣传力度，提高农民和农业部门的保险意识，提高农民自觉投保的积极性。
建立灾歉农村信贷补偿机制
建立农村信贷保险基金。如果全面开展农村信贷保险，政府可能难以承受巨大的补贴负担，建议国家和省市两级建立农村信贷保险发展基金，用以支付灾歉农村信贷保险的补偿。农村信贷保险发展基金的筹集可采取多种方式筹集，可由财政、民政、企业、农民各拿一部分，政府发行农村信贷保险债券等。建议由各级政府财政每年拨出一定的资金设立农村信贷保险基金，用于补贴保险部门的超额赔偿款及补贴农民的部分保险费。农村信贷保险基金的投入重点应是促进和保护农业和农村经济发展，保障农业生产和经营不因自然灾害而中断，及时向受灾保险对象提供帮助。农村信贷保险基金最终用于对投保人的补偿，集中给予遭受农业损失的投保人。
对农民进行补贴。当前，我国要加快放开粮食保护价步伐，改间接补贴为直接补贴，同时认真落实农村费改税政策，切实减轻农民负担，以提高农民还贷能力。
对农村信用社进行补贴，对由历史原因、政策因素造成的亏损和不良贷款予以剥离，使基层信用社放下包袱，轻装上阵。同时减免农业贷款利息和农村信用社系统的营业税，中央银行继续给予农村信用社再贷款支持，对农村信用社贷款实行灵活的利率浮动政策，同时适度地降低农信社的存款准备金率，使其吸收的存款更多地作为支农资金，用于支持“三农”发展。