客观地说，农村信用社改革从一开始就与曲折和争议相伴而行，来自于理论界和媒体的不同声音有很多。比如，农信社行业管理权交给省政府是错的；企业发展应该是自下而上才有生命力，而农信社改革却是自上而下，所以不会走很远；农信社增资扩股是为了拿央行票据，而不考虑机制转换等等。
面对争议，我们究竟用什么样的态度看待这些问题，又将用怎样的方法去有效解决，这决定了我们今后是否能坚实地迈出改革的每一步。
治理结构：正视困难
“我们的理事长与主任早在改革前就已经分设了，监事会也成立很长时间了，但分设之后和从前没有什么区别。”一位基层信用社员工向记者说出了他的困惑。记者在采访中发现，类似的问题在全国许多地方都存在。导致不少员工对改革的效果产生怀疑。
有关人士指出，农信社法人治理结构的完善和经营机制的转换本身需要一个长期的过程。农村信用社产权制度改革的目标是通过改革产权模式，完善股权结构，促进农村信用社健全完善自身法人治理结构，形成相互制衡、相互制约的内部管理体系，从而实现经营机制的转换，逐步走向“自主经营、自负盈亏、自我约束、自担风险”的良性发展轨道。
农村信用社产权改革必须经历一个先明晰产权，而后建立法人治理结构、完善法人治理结构并逐步转换经营机制的过程。明晰产权，建立与不同产权相符合的组织形式是农村信用社产权改革的基础环节，是改革的阶段性目标。而建立决策、管理、监督相互制衡的法人治理结构和激励、约束相互结合的经营机制，是产权制度改革的关键环节和根本目标，也是我国建立现代企业制度的根本要求。
由于观念、体制等原因，我国国有企业经过二十多年的改革，股份制商业银行经过近十年的改革，目前仍然没有很好地解决这一问题。而农村信用社长期以来形成的经营管理意识相对滞后，人员素质相对较低，国家银行管理方式惯性影响等，决定了农村信用社要按照现代企业制度的要求完善法人治理结构，转换经营机制，较国有企业和股份制商业银行起点更低，难度更大，从观念意识的转变到人员素质的提高、从方式方法的改变到经营机制的建立，都需要做长期艰苦的努力。
扶持资金：输血治病
“改革究竟是为了什么？”当有人提出这个问题时，有一种很“实际”的答案是：“拿到票据。”３８０亿扶持资金一度在业界引起广泛争论，“花钱能否买来好机制”、“基层的改革目标就是为了拿票据”，种种说法不绝于耳。
在深化农村信用社改革政策扶持中，我们对“花钱买机制”要有一个正确的理解和认识。国家政策扶持对消化农村信用社的历史包袱可以起到一定的、部分的立竿见影的效果，但通过政策扶持促进农村信用社经营机制的转换，则需要经历先外部“输血治病”，后逐渐培育自身“造血功能”的“康复”过程。
这一过程的长短要视农村信用社“病情治愈”程度和“肌体功能”强弱来决定，不必苛求“一手交钱一手交货”的传统商品交易原则，而应该以高瞻远瞩之态势，“花钱”去购买一只成长型、高收益的期货。也就是说，“花钱”是必要条件，“买机制”客观上必然有一个过程，在这个过程中，必须强调和重视机制转换，但对此要有一个合理的预期，不能急于求成。
产权改革：不能治百病
产权约束是深化改革的基础但不能包医百病。产权制度改革可以明晰农村信用社的产权关系，解决农信社长期以来存在的所有者缺位以及“谁投资、谁受益、谁管理、出了问题谁负责”的问题。但从我国改革开放二十多年来国有企业和乡镇企业产权改制的实践看，仅仅依靠产权明晰不能解决企业改革和发展中有效控制的所有问题，产权改造只是实现改革目标的一种形式和手段。
建立和完善以市场为主导的现代企业制度，不仅需要明晰的产权关系、科学合理的产权结构，而且必须建立与不同产权结构和形式相适应的监督管理机制，即内部的法人治理和外部的监督管理。
从改革试点农村信用社现阶段情况来看，产权改革主要是明晰了产权关系，即在清产核资基础上明确了现有产权和通过增资扩股构建了新的产权，优化了股权结构，建立了与不同股权结构相适应的组织形式，解决了所有权和所有制的问题。
产权改革的结果并不必然带来法人治理结构的完善和经营机制的创新，即便是实施了以县（市）为单位统一法人，组建了农村合作银行或农村商业银行，法人治理结构的完善仍需一个过程。
单个企业法人仍然规模小、抗风险能力弱、可持续发展能力不强，加之农村信用社作为社区性地方金融企业的特殊性，客观上要求必须要有来自外部的监督和管理，包括市场的约束、行业的自律、监管机构的监管。这样不仅可以有效防范和控制农村信用社仅仅依靠产权约束容易引发的道德风险，而且也有利于制衡基于产权结构不合理而带来的内部人控制问题。在目前来自农村信用社内部和外部市场约束力度都还很低，内外部约束机制均没有发育健全的现状下，我们应当看到，深化农村信用社产权制度改革也有一个逐步的、渐进的过程，不可能一步到位。
决不能简单地把股权量化和建立与产权相适应的组织形式等同于完成了产权改造，由此消极地看待改革过程出现的困难和问题，并将这些困难和问题主观地、情绪化地归责于改革政策和制度设计。
外部环境：不容忽视
有关人士指出，农村信用社能否实现改革目标，不仅受制于自身改革发展的历史、现状和特点，而且受制于外部社会环境的影响。
农信社无论是改革管理体制，充分发挥“三位一体”的管理职能，还是改革产权制度，建立股权管理多样化、投资主体多元化的股权结构，完善不同产权制度下的法人治理结构，转换经营机制，化解历史包袱，都与外部社会环境有着密切的联系。
在外部社会环境中，政治环境的民主化程度、经济环境的状况和市场化程度、政策环境的政策扶持力度、法制环境的健全程度和信用环境状况，都从不同角度和层面制约着农村信用社改革目标的实现。在这些环境因素中，社会经济、政策和信用环境的制约最为明显。
目前，大多数农信社特别是中西部农信社所处环境经济发展水平低、服务对象点多分散、偿贷资源缺乏和能力弱的现状，已成为制约农信社发展的主要因素；农信社改革的政策环境仍然存在很多不合理、不公平的限制和障碍；社会信用缺失状况短期内也难有大的改变。
在外部环境没有根本改变的情况下，农信社改革目标的实现需要一个较长的过程。另外，农信社改革目标的实现，必须依赖于农村金融整体改革的推进，依赖于邮政资金回流农村机制、农村保险和担保制度的建立等配套改革措施的到位，这些方面都还有一个过程。
地方政府：明确定位
在农信社改革过程中，地方政府担当着非常重要的角色。这不仅是因为农信社是地方性金融机构，而且在推进改革的很多重要问题上，诸如不良资产的清收、扶持政策的落实、增资扩股的发动以及信用环境的培育等，都需要地方政府及有关部门的倾力介入和参与。
８个省（市）改革的经验表明，地方政府对试点工作真正高度重视，是保证农信社改革顺利实施的重要前提。改革过程中，必须充分发挥地方政府的作用，这既是改革成功的需要，也是地方政府的重要职责。
但应该明确的是，由省级政府对农信社实施管理，在现阶段是个新生事物，目前最为重要的是如何把握管理行为，界定好管理职责，明确省级机构的管理定位、管理内容和管理方式。
从原则上看，一方面，省级政府对农信社的管理要做到参与不干预，到位不越位，不要把省联社当成省级政府的组成部门，更不要把省联社办成行政机关。另一方面，省联社要按照省政府的要求依法加强风险管控和其他方面的行业管理，同时使这些管理建立在法人单位充分自主经营和自我约束的基础上。
省联社在强化对农信社管理的同时，特别要注重加强对农信社自我成长和发展能力的培养。现阶段，省级政府对农信社管理的目的也是为了促进农信社实现“四自”。但从发展看，这种管理应随着农信社″四自″能力的增强，逐步弱化并最终淡出。