基肥中养分含量比较完全的有机肥，施入土壤后需经过一段时间充分腐烂分解才能供根系吸收，所以果实采收后即可秋施基肥。这时土温较高，含水量多，伤根易愈合并可产生新根；同时微生物活动旺盛，有机质有充分分解时间，到春季可及时供树体吸收。
秋施基肥过程中，在备足“主菜”的基础上，有针对性地加些“佐料”，既能壮树又可防病，促进果树健康成长，收到事半功倍的效果。“主菜”指人粪尿、畜禽肥、沤肥、堆肥、饼肥、绿肥等，施用量一般为株产１５０－２５０千克为标准，基肥１００－２００千克、过磷酸钙２－３千克、尿素０．５－０．７千克。“佐料”指硫酸亚铁、硫酸锌、硼砂等。
以下介绍几种果树常见病以及如何施肥防治。
黄叶病
在盐碱土壤中的铁，极不易为植物所吸收。以桃树为例，先是嫩叶变黄，叶脉两侧仍为绿色；严重时嫩叶失绿，叶脉淡绿，全叶黄白色，出现褐色坏死并出现落叶现象。防治对策：依树体大小，每株与基肥混施０．５－０．６千克硫酸亚铁，效果能维持１－２年。
小叶病
锌对植物的氧化还原、叶绿素形成都有一定影响，锌还能影响植物生长素的形成。葡萄缺锌时，叶片小、节间短、果实小而无籽、果穗松散。防治对策：每株与基肥混施０．４－０．８千克硫酸锌，第二年见效，有效期达３至５年。
缩果病
硼能促进花粉萌发，增进糖类和蛋白质，有利于根的生长及愈伤组织的形成。枣缩果病发病后期，外果皮呈暗红色、无光泽、果肉由淡绿转黄色，果实大量脱水，一侧出现纵向皱纹。防治对策：每株与基肥混施０．２－０．４千克硼砂，施后浇水，有效期能维持３年以上。
根朽病
一般在老果园发生严重，造成树木成片死亡。它为害多种果树，如杏、山楂、梨等。在７至９月间，雨后在树下丛生出黄色的蘑菇样物质即为病菌子实体。防治对策：①隔离病树与土壤消毒 在病区和病株周围挖１米深的沟，以封锁病源，避免病根与邻近果树健根接触，沟壁和沟底要消毒。病死株要及时挖除，连同病残根一起烧毁，土壤也要消毒，补栽时要换新土。常用的土壤消毒剂有：７０％的五氯硝基苯粉剂、５０％的代森铵、８０％的五氯粉钠原粉、２００－２５０倍的硫酸铜液。②处理病株 发现病株，立即扒开土壤，用石硫合剂原液加少量清水涂抹病部，或用５０－１００倍福尔马林重喷树根、树干。挖出的土要掺入石硫合剂渣后再回填，踏实后灌水。还可用晾根的方法来防治根朽病，即把树基部主根附近的土扒开，暴露在外，从春季开始到落叶为止，也可分段进行。晾根大约７到１０天左右。要注意四周筑埂，避免树穴内灌入雨水。
入秋以后，合理施用基肥，既能壮树又能防病，对于果树的健康成长具有非常重要的意义。