党的十六大报告指出了“深化农村金融体制改革”的明确要求。加快农村金融体制改革和创新的步伐，已不仅仅是农村金融的服务问题，更是一项重要的政治问题。
存在的主要问题
支农金融机构主体缺乏。近年来，国有商业银行出于防范风险和提高经营效益的考虑，调整经营战略和贷款投向，上收贷款权限，纷纷从农村撤离或撤并网点和业务，造成了支农金融机构缺失。农业银行目前农业贷款仅占各项贷款余额的１０％，农业投入逐年下降，支农力度减弱。农业发展银行主要负责粮油棉收购、储运等环节的资金提供，已退化为“粮食银行”。农村信用社几乎成了向农村经济发展提供金融服务的惟一支持者，而其自身由于存在产权不明晰、治理结构不完善、历史包袱过重、不良贷款过多等问题又显得“独木难支”。
缺乏有效的竞争机制。在农村金融业务方面，其他金融组织并不对农村信用社产生竞争威胁，农村信用社之间也缺乏竞争的空间和条件。农村金融部门营销贷款意识不强，坐等客上门，农民贷款难问题在一定程度上依然存在。
民间金融活跃，且缺乏必要的规范和保护。民间金融的存在，是我国农村金融机构失衡、金融二元性的重要表现。改革开放以来，我国农村民间金融因监管成本较高，不能通过正式规范加以有效控制，一直受到打击和排挤。但这些民间金融在农村正规金融难以满足农村金融需求的情况下，在扩大农村生产经营资金、活跃农村金融市场、提高金融效率、尤其是促进农村个私经济发展等方面起了积极作用，对推动农村体制外经济增长发挥了重要作用。有研究表明，浙江温州现有的１６．７万家企业中，６０％依靠民间借贷筹集资金。
对策建议
发挥国有商业银行的支农作用。农业银行可以规定其向农业投放贷款的最低限额或比例，或要求其将存款增长的一定比例用于购买农业政策性金融债券，其涉农贷款特别是针对农村企业和农户的贷款，考虑到行业风险的特殊性，应压缩责任追究范围，减轻责任处罚力度，缩短责任追究期限。农业发展银行要改变目前只负责国家粮油棉收购贷款的格局，调整农业政策性金融信贷结构，进一步拓宽支农领域，逐步将支持重点由农产品流通领域转向生产领域，扩大其业务外延，在继续做好国家粮油棉收购贷款和专项储备贷款的同时，加大对农业基础设施建设、农业科研技术推广和市场信息等服务体系建设的支持力度；加大对农业经济结构战略性调整的支持力度；加大以农村能源、生态农业示范工程和生态资源保护工程为主体的农村生态环境建设的支持力度。
加大农村金融市场开放力度，培育竞争机制。一是加速国有商业银行改革，按照行业或地区拆分，形成众多具有行业特点或地域特点的股份制商业银行、区域性商业银行和地方性商业银行；二是在农村信用社明晰产权制度改革过程中，要注意产权组织形式的多样化，既可以吸收内部人员入股，也可以吸纳农户、农村经济组织、个私企业和其他金融机构入股，甚至可以允许外资金融机构参股；三是正视种类繁多的民间金融组织，从法律、制度、政策完善入手，积极引导民间金融组织的发展，有条件的地方，在严格监督、有效防范金融风险的前提下通过吸引社会资本和外资，积极兴办直接为“三农”服务的多种所有制的金融组织。
创新金融产品和服务方式，拓宽信贷支农领域。农业银行和农业发展银行要有针对性地创新适合“三农”的金融新产品，拓宽支持“三农”渠道，侧重支持农业产业化发展，重点扶持一批有竞争优势、成长性好、潜力大的农产品加工骨干企业，利用信贷杠杆，引导龙头企业走专业化、精加工、外向型的发展道路，通过龙头企业的带动效应，推动特色农业和农产品的基地建设。农信社在推行农户小额信用贷款和农户联保贷款的基础上，要针对农户和中小企业实际情况，创新多种担保办法，探索实行动产抵押、仓单质押、权益质押等担保形式，建立健全农户和农村企业的贷款抵押担保机制。