在农村金融体制的改革过程中，农村信用社的改革从来都被放在最核心的位置。农信社的重要性是由我国农村金融改革的背景所决定的：农村金融主体的严重缺位，使得金融支农的重任只能落在农村信用合作社的肩上。再加上农信社本身存在的诸如产权界定模糊、资本充足率低、治理结构不完善等一系列问题，更使得农信社改革的重要性和紧迫性凸现出来。
然而这里存在一个误区，即认为农信社改革就是农村金融改革的全部，农信社问题解决了，金融支农问题也就解决了。国务院《关于农村金融体制改革的决定》中明确提出，我国农村金融体制改革的目标是“建立和完善以合作金融为基础，商业性金融、政策性金融分工协作的农村金融体系”。且不说当前进行的一系列农村信用社改革其收效如何，即使可以成功地改造成为“自愿、互助救济、民主管理”的合作性金融组织，甚至也能同时实现盈利性，但这也只是完成了“建立合作金融”的目标，而不是整个农村金融体系的再造。更为重要的是，“金融支农”不仅要求建立与完善农村金融体系，更为关键的是要引导社会资金回流农村、反哺农村，这一揽子问题绝非仅仅依靠农信社改革就能解决的。
改革进行到这一步，其成绩应当说是明显的。一方面在理论上明确了改革方向，避免了再走弯路，另一方面在农信社的改革上进行了各种尝试与探索，取得了初步成效。在下一阶段，除了要进一步巩固农信社改革取得的成果，还必须强调两个问题：
第一，建立全面的多功能的农村金融服务体系，为农民开辟更为广阔的融资渠道和提供更加便利的融资条件。一是允许民间资本进入农村，鼓励农村金融组织形式的多样化。这不仅能够为农户提供更多的融资选择和金融服务，同时也可以通过竞争来改变农信社“一家独大”的格局，提高农村金融市场经营的效率，而一个有效率的农村金融体系则是避免农村资金外流的根本途径。二是继续发展和完善小额信用贷款与农户联保贷款制度。进一步扩大小额贷款与联保贷款的规模与范围。特别是小额贷款，不能局限于仅为２０％的贫困户，应当扩大享受小额信用贷款农户的范围。三是逐步放开贷款利率。一般说来，农村信贷存在着农户分散，贷款额度小的特点，因此贷款方的操作成本很高，尤其是在引入小额贷款制度以后。较高的操作成本必须以较高的贷款利率来补偿，逐步放开贷款利率的将是必然的趋势。四是开放民办小额贷款。这样不仅能够留住农村的储蓄，而且能将一部分城市的储蓄引入农村，加快农村脱贫。根据世界银行的国际经验，小额贷款的利率必须达到１５－１７％才能够盈亏平衡，这对我国农民而言是可以接受的，因为农村高利贷利息普遍超过３０％。所以，开放民间小额贷款也是打击民间高利贷的有效措施。
第二，引导资金回流农村，实现真正的“金融支农”。从宏观上讲，农村金融改革隶属并服务于农业改革，其最终目的是为解决“三农”问题提供资金支持。所以衡量农村金融体制改革成败的标准不在于这一新建立起来的金融体系是否“美观”，而在于它是否“实用”，是否能够引导社会资金流向农村。但是这里存在一个悖论，因为在市场经济的大背景下，资金总是流向回报率高的行业，而农业贷款的高成本与高风险显然不符合效率原则，通过市场引导资金流向农村是不现实的。即使是作为农民贷款主要来源的农信社，每年也有大量的存款流向城市。２００３年我国农业增加值占ＧＤＰ的比重是１４．８％，而农业在整个金融机构中占用的贷款余额却不到６％。因此，一方面要建立与完善农村金融体系，另一方面必须依靠政策手段来配合。一是起草和颁布社区再投资法，规定商业银行投入支农资金的比例，同时邮政储蓄从农村吸收存款的一定比例必须返还到农村，以避免农村资金外流，并且增加支农资金的总量。二是利用税收优惠政策鼓励社会资金流向农村。对于金融机构投放于农村的支农贷款部分，应当减免其营业税和所得税，以抵消农业贷款高成本高风险所带来的损失。三是促进农村土地制度改革，以利于农民拥有合格的抵押品，解决农业贷款的担保问题；加快建立农村金融机构存款保险制度，降低农村金融机构的贷款风险。
改革农村信用社、重建农村金融体系和引导资金回流农村之间密切联系，环环相扣。其中，农信社改革是核心，金融体系的全面重建是基础，资金反哺农村则是目标。三者犹如一条主线贯穿始终，构成了农村金融改革的“三部曲”。因此，农信社改革只是万里长征迈出的关键性第一步，而不是农村金融改革的全部。
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