面对市场的质疑，在不断的争议声中，农业部于2009年发布了《关于切实做好肥料登记管理工作的通知》。《通知》指出，在肥料登记管理工作中，一些地方还存在审批程序不规范、越权超范围登记、省际间登记要求不一致和监管不到位等问题。下发《通知》旨在进一步加强肥料登记管理工作，规范肥料登记要求和程序。

    十几年来，市场上对《办法》修改或者取消的声音一浪接一浪。具有客观建设性的意见大致可分：

    第一，建议停止肥料登记收费。

    第二，建议复合肥、复混肥免予登记。

    第三，建议多部门联合制定，尽快出台《肥料管理条例》。防范行政权力部门化、部门权力利益化、部门利益法制化的倾向，建议由国家发改委牵头，农业部、商务部、国家质检总局、全国供销合作总社、有关协会、肥料生产厂、经销商等单位参加，制定一个全面的、可操作的《肥料管理条例》，进而过渡到《肥料法》。