土壤酸化加剧土壤营养元素的淋溶和固定。由于酸性土壤中含有大量的铝离子和氢离子，而且，铝离子的吸附能力比盐基离子强得多。因此，由于土壤酸化在土壤中的盐基离子容易发生淋溶，pH值越低，这种影响越大。如果pH足够低，甚至土壤固相部分也可以被侵蚀。根据中国科学院南京土壤研究所进行的模拟酸雨对不同类型酸性土壤渗漏水中几种离子淋溶的试验测定,随着pH降低，土壤中的K、Na、Ca、Mg等离子的淋溶加剧。所以，酸性土壤中养分离子的淋溶是土壤肥力下降的重要原因之一。

　　另外一方面，土壤酸化也可以促进另一些营养元素(例如磷)的固定。研究结果证明：当土壤pH值低于6时，红壤中磷的固定率随着pH的降低而直线上升。主要由两个原因造成：一是pH低时，红壤表面正电荷增多，使对磷的吸附能力增强；二是红壤中存在大量的游离的铁离子Fe3+，与PO43-反应生成稳定FePO4而被土壤固定，由于磷的被固定，大大降低了磷的有效利用率，成为影响农业发展的严重问题之一。

　　土壤酸化促进有毒元素的释放和活化。土壤酸化将促进某些有毒元素（如铝离子等）的释放、活化、溶出。研究资料还指出，铝离子对小麦幼苗生长有毒害作用；对大麦相对产量也有很大影响，当土壤交换性铝的含量在0.33（1/3mmol/kg）之间时，随着交换性铝含量的增加，大麦的相对产量呈直线下降。

　　土壤酸化会影响土壤微生物的生命活动。土壤酸化后，会使土壤有益微生物数量减少，抑制有益微生物的生长和活动，从而影响土壤有机质的分解和土壤中C、N、P、S的循环。而对于一些喜欢在酸性土壤里活动的有害微生物种群则生存有利，造成病菌滋生，根系病害增加。特别是有的研究成果表明，酸性土壤是植物线虫的天堂，土壤酸化将会加重农作物根线虫病的滋生与蔓延。

　　土壤酸化会增加环境压力。由于酸化会促进有毒有害金属元素的活化和溶出，会加重铝离子及锰、铬、镉有毒金属离子的淋失和溶出，污染土壤和水环境。更严重的是还可能通过食物链危害人体和动物的健康。

　　土壤酸化的根本原因在于土壤中氢离子的产生。土壤酸化就是指土壤中氢离子增加。土壤中氢离子的来源有很多方面：环境污染中造成的酸雨，酸雨中有大量的无机酸（主要呈硫酸和硝酸）；土壤有机质的分解可以产生有机酸和高分子量的腐植酸；土壤中的微生物及植物根系的代谢作用可产生碳酸；某些土壤类型中的硫化铁氧化可产生硫酸等。

　　盐基性离子特别是钙离子的淋溶是导致土壤酸化的第二位原因。不论是赤红壤还是红壤，模拟酸雨pH值越小，钙离子的淋溶状态便越加剧。从成土过程来看，酸性土壤由于在母质风化过程中钙的强淋溶，因而其钙的含量远低于母质中的含钙量。据有关报道，由于淋溶作用强烈，我国秦岭淮河以南红壤含钙量一般小于0.35%，华南大部分红壤含钙量仅0.02%。

　　酸性和生理酸性化肥的长期大量使用也会加重土壤的酸化程度。据报道，盆栽试验结果表明，在酸性红壤中施用硫酸钾、硫酸铵、尿素、硝酸钾、硝酸铵和氯化钾等化肥都会使红壤的酸度有不同程度的增大，主要是这些化肥中的阳离子可以交换出氢、铝离子，从而增大土壤酸度。单施氮钾化肥会加速土壤酸化，而配合施用磷、钙及有机肥料，则可改良酸性土壤。