长期以来，人们对微生物肥料的作用有不同的看法：一种认为微生物肥料可以替代化肥；另一种则认为根本不能替代化肥。科学地讲，微生物肥料与化学肥料是不能对立的，二者具有很强的互补性，单一长期施用微生物肥料或化肥，都不能达到理想的效果。在无公害农产品生产中，二者有机结合，混合施用，具有良好的发展前景。 具体应用中还需注意以下问题：

　　1.购买微生物肥料前应向销售单位索取产品说明资料，明确产品的特点、功效、作用和施用方法，并阅读注意事项，以求正确施用，增产增效。

　　2.微生物肥料在贮运时要避免日晒雨淋，宜放置在相对恒温、干燥处，切忌反复冻融和曝晒。

　　3.微生物肥料在施用过程中避免与强杀菌剂、种衣剂、化肥或复混肥混合后长期存放，以免降低施用效果。