1950年11月，新疆省人民政府召开第一届合作社工作者代表会议，成立新疆合作事业管理局（简称“合作局”）。

    1957年，全疆建立自治区供销合作社1个，乌鲁木齐市社l个，地州办事处l3个，县（市）供销合作社82个，基层供销合作社430个，商业网点2956个，共有社员66.4万人，占农牧业人口的l4.32%。

    1956年6月，新疆供销合作社第一届社员代表大会在乌鲁木齐召开，通过了《自治区供销合作社章程》，选举产生了理事会和监事会。7月1日，正式成立新疆维吾尔自治区供销合作社。

    1953-1955年，随着城乡市场变化和对私营商业改造的进展，部分合作社陆续改名为供销合作社，负责农村市场、农副产品、手工业等领域。

    1954年6月，省合作局召开第二次合作社工作者代表会议，决定将专区合作社改为合作办事处，作为省合作局的派出机构。

    1958年，供销合作社与商业厅合并，改称“第二商业厅”，取消供销合作社。

    l963年3月，新疆供销合作社召开第二届社员代表大会，恢复全区供销合作社。

    1966年，县以上供销合作社机构合并到商业局。

    1975年9月，供销合作社从商业局分离出来，恢复新疆供销合作社。

    1983年，新疆自治区党委决定，供销合作社再度合并到自治区商业厅，为商业厅二级机构，供销合作社退出行政部门序列，改为经济实体。

    1984年9月，新疆供销合作社召开第三届社员代表大会。

    1985年1月，经新疆自治区人民政府批准，供销合作社从商业厅分出来单列，归口自治区经济委员会管理。

    1987年，县以上社属企业由党委领导下的主任（经理）负责制改为经理（厂长）负责制。

    1989年，经自治区人民政府批准，新疆供销合作社由行政管理机关改为企业化管理。

    1996年11月，在自治区党委、政府印发《自治区党委、自治区人民政府关于深化供销合作社改革的实施意见》后，新疆供销合作社召开第四届社员代表大会，确定了供销合作社改革发展的总体思路和奋斗目标，标志着新疆供销合作社进入了一个新的发展时期。

    2013年9月，新疆供销合作社召开第五届社员代表大会，提出以改革创新为动力，以服务“三农”为核心，加快转变经济发展方式，实现6个新突破：“新网工程”抓提升、项目建设抓精品、外销平台抓布局、合作组织抓服务、深化改革抓创新、文化建设抓亮点，努力打造全新供销合作社新目标。