截至5月21日晚，卫生部累计派出抗震救灾卫生防疫队伍3009人，累计到达灾区人员2016人；加上四川本地和外省市以及部队派往的防疫人员，一共有超过5500名的防疫人员在四川省内工作。

　　为尽快恢复四川重点受灾地区传染病与突发公共卫生事件信息报告工作，卫生部组织中国疾病预防控制中心紧急开发了基于手机报告方式的疫情应急报告系统，同时制定了《地震灾区疫情监测信息应急报告工作方案》。在网络直报系统恢复前，四川灾区将利用手机直接报告灾区传染病和突发公共卫生事件，手机报告方式将在１０天内逐步恢复覆盖１０００万人口的疫情监测。

　　另外，四川省卫生部门已经建立了灾区饮用水应急监测信息日报告和通报制度，从17日开始已对受灾地区饮用水监测情况进行通报。

　　卫生部5月18日发布了《地震灾区重点传染病疫情（霍乱、鼠疫、炭疽）应急处理预案》。为妥善及时处理四川汶川地震遇难人员遗体，由民政部、公安部、卫生部近日联合制订的“５·１２”地震遇难人员遗体处理意见公布。 

　　同时，中国疾病预防控制中心组织制作了５３０万份防疫防病宣传材料。２０日上午，２５０万份材料已送达绵阳和成都，随后分发。２０日，解放军总医院也向灾区群众和医护人员赠送了２万余套《地震伤急救手册》《震区防疫手册》。

　　目前，地震灾区无重大传染病疫情和突发公共卫生事件报告。